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万見
- PDB-7y7b: Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y7b
タイトルCryo-EM structure of cryptophyte photosystem I
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 8
  • ACPI-1
  • ACPI-11
  • ACPI-12
  • ACPI-13/10
  • ACPI-14
  • ACPI-2
  • ACPI-3
  • ACPI-4
  • ACPI-5
  • ACPI-6
  • ACPI-7
  • ACPI-8
  • ACPI-9
  • ACPI-S
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • PsaO
  • PsaR
  • Unk1
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Cryptophyte / Photosystem I / evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid thylakoid membrane / thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...plastid thylakoid membrane / thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK ...Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaA / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8CT / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chem-IHT / Chem-II0 / Chem-II3 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE ...Chem-8CT / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chem-IHT / Chem-II0 / Chem-II3 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV
類似検索 - 構成要素
生物種Chroomonas placoidea (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Zhao, L.S. / Li, K. / Zhang, Y.Z. / Liu, L.N.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2023
タイトル: Structural basis and evolution of the photosystem I-light-harvesting supercomplex of cryptophyte algae.
著者: Long-Sheng Zhao / Peng Wang / Kang Li / Quan-Bao Zhang / Fei-Yu He / Chun-Yang Li / Hai-Nan Su / Xiu-Lan Chen / Lu-Ning Liu / Yu-Zhong Zhang /
要旨: Cryptophyte plastids originated from a red algal ancestor through secondary endosymbiosis. Cryptophyte photosystem I (PSI) associates with transmembrane alloxanthin-chlorophyll a/c proteins (ACPIs) ...Cryptophyte plastids originated from a red algal ancestor through secondary endosymbiosis. Cryptophyte photosystem I (PSI) associates with transmembrane alloxanthin-chlorophyll a/c proteins (ACPIs) as light-harvesting complexes (LHCs). Here, we report the structure of the photosynthetic PSI-ACPI supercomplex from the cryptophyte Chroomonas placoidea at 2.7-Å resolution obtained by crygenic electron microscopy. Cryptophyte PSI-ACPI represents a unique PSI-LHCI intermediate in the evolution from red algal to diatom PSI-LHCI. The PSI-ACPI supercomplex is composed of a monomeric PSI core containing 14 subunits, 12 of which originated in red algae, 1 diatom PsaR homolog, and an additional peptide. The PSI core is surrounded by 14 ACPI subunits that form 2 antenna layers: an inner layer with 11 ACPIs surrounding the PSI core and an outer layer containing 3 ACPIs. A pigment-binding subunit that is not present in any other previously characterized PSI-LHCI complexes, ACPI-S, mediates the association and energy transfer between the outer and inner ACPIs. The extensive pigment network of PSI-ACPI ensures efficient light harvesting, energy transfer, and dissipation. Overall, the PSI-LHCI structure identified in this study provides a framework for delineating the mechanisms of energy transfer in cryptophyte PSI-LHCI and for understanding the evolution of photosynthesis in the red lineage, which occurred via secondary endosymbiosis.
履歴
登録2022年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年4月26日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.32023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: ACPI-1
2: ACPI-2
3: ACPI-3
4: ACPI-4
5: ACPI-5
6: ACPI-6
7: ACPI-7
8: ACPI-8
9: ACPI-12
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
O: PsaO
R: PsaR
X: Unk1
Z: ACPI-S
a: ACPI-13/10
b: ACPI-14
c: ACPI-9
d: ACPI-13/10
e: ACPI-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)975,353446
ポリマ－651,03329
非ポリマー324,320417
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
タンパク質 , 18種, 19分子 123456789CORXZadbce

#1: タンパク質 ACPI-1


分子量: 23479.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#2: タンパク質 ACPI-2


分子量: 23400.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#3: タンパク質 ACPI-3


分子量: 24966.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#4: タンパク質 ACPI-4


分子量: 23548.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#5: タンパク質 ACPI-5


分子量: 24055.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#6: タンパク質 ACPI-6


分子量: 22688.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#7: タンパク質 ACPI-7


分子量: 24550.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#8: タンパク質 ACPI-8


分子量: 23700.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#9: タンパク質 ACPI-12


分子量: 23223.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#12: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8743.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI25, photosystem I
#21: タンパク質 PsaO


分子量: 10766.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#22: タンパク質 PsaR


分子量: 13867.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#23: タンパク質 Unk1


分子量: 13975.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#24: タンパク質 ACPI-S


分子量: 25645.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#25: タンパク質 ACPI-13/10


分子量: 22270.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#26: タンパク質 ACPI-14


分子量: 23755.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#27: タンパク質 ACPI-9


分子量: 27212.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#28: タンパク質 ACPI-11


分子量: 22451.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#10: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 83493.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AIB4, photosystem I
#11: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 82219.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI95, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 DEFIJKLM

#13: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 15590.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AIA6
#14: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 7352.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AIF3
#15: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 20393.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI52
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 3975.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI78
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 4862.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI55
#18: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I subunit X


分子量: 8836.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI34
#19: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 16490.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI68
#20: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3247.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI28

-
糖 , 2種, 7分子

#38: 糖
ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#41: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 11種, 410分子

#29: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物
ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H28MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物...
ChemComp-II0 / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Alloxanthin


分子量: 564.840 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物 ChemComp-II3 / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Monadoxanthin


分子量: 566.856 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物
ChemComp-IHT / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Allobetaxanthin


分子量: 550.856 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#35: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#36: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#37: 化合物...
ChemComp-8CT / (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene


分子量: 536.873 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#39: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#40: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem I of cryptophyte / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#28 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.89 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 133521 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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