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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xzh | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human LRRC8A | |||||||||
要素 | Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Volume Regulated Anion Channel / LRRC8A / Cryo-EM / VRAC / N terminal extention | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pre-B cell differentiation / Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cell volume homeostasis / protein hexamerization ...pre-B cell differentiation / Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cell volume homeostasis / protein hexamerization / monoatomic anion transport / response to osmotic stress / monoatomic ion channel complex / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation / chloride transmembrane transport / positive regulation of insulin secretion / spermatogenesis / lysosomal membrane / cell surface / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu, H. / Liao, J. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: cryo-EM structure of human LRRC8A 著者: Liu, H. / Liao, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xzh.cif.gz | 825.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xzh.ent.gz | 701 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xzh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/7xzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/7xzh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 33527MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 94119.312 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRRC8A, KIAA1437, LRRC8, SWELL1, UNQ221/PRO247 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): GNTI- / 参照: UniProt: Q8IWT6 #2: 化合物 | ChemComp-P5S / #3: 化合物 | ChemComp-POV / ( #4: 化合物 | ChemComp-CLR / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Volume Regulated Anion Channel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293-GNTI- / プラスミド: pEGMam |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 16 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: LAB6 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31640 / 対称性のタイプ: POINT |