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- PDB-7xyg: Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xyg
タイトルCryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 position of the nucleosome
要素
  • (DNA (167-MER)) x 2
  • ATP-dependent helicase fft3
  • Histone H2AヒストンH2A
  • Histone H2BヒストンH2B
  • Histone H3ヒストンH3
  • Histone H4ヒストンH4
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA binding (デオキシリボ核酸) / remodeler (リフォーム) / nucleosome (ヌクレオソーム) / Fft3-nucleosome complex
機能・相同性
機能・相同性情報


attachment of telomeric heterochromatin to nuclear envelope / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / HDMs demethylate histones / Interleukin-7 signaling / PKMTs methylate histone lysines / Chromatin modifying enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / RCAF complex / Metalloprotease DUBs ...attachment of telomeric heterochromatin to nuclear envelope / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / HDMs demethylate histones / Interleukin-7 signaling / PKMTs methylate histone lysines / Chromatin modifying enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / RCAF complex / Metalloprotease DUBs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / RMTs methylate histone arginines / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RNA Polymerase I Promoter Escape / polytene chromosome band / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / Transcriptional regulation by small RNAs / HATs acetylate histones / Ub-specific processing proteases / Estrogen-dependent gene expression / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / larval somatic muscle development / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / UCH proteinases / histone chaperone activity / 多糸染色体 / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nuclear chromosome / replication fork processing / heterochromatin organization / nucleosomal DNA binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / ヘテロクロマチン / helicase activity / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / nucleosome assembly / 染色体 / chromatin organization / ヘリカーゼ / nucleic acid binding / damaged DNA binding / クロマチンリモデリング / protein heterodimerization activity / chromatin binding / クロマチン / protein-containing complex binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
: / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain ...: / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 1. / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / ATP-dependent helicase fft3 / ヒストンH2B / ヒストンH3 / ヒストンH4 / ヒストンH2A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Nan, Z. / Tao, J. / Yangao, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800632 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 position of the nucleosome (Class II Fft3-nucleosome complex)
著者: Nan, Z. / Tao, J. / Yangao, H.
履歴
登録2022年6月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年6月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Data processing / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_3d_reconstruction ...atom_site / em_3d_reconstruction / em_entity_assembly / em_software / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_contact_author / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine_ls_restr / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _em_3d_reconstruction.num_particles / _em_3d_reconstruction.resolution / _em_entity_assembly.entity_id_list / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity_name_com.entity_id / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly.type / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_poly_seq.num / _entity_src_gen.entity_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / 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解説: Model completeness / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Histone H2A
G: Histone H2A
D: Histone H2B
H: Histone H2B
J: DNA (167-MER)
I: DNA (167-MER)
K: ATP-dependent helicase fft3
A: Histone H3
E: Histone H3
B: Histone H4
F: Histone H4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,10611
ポリマ－315,10611
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 5種, 9分子 CGDHKAEBF

#1: タンパク質 Histone H2A / ヒストンH2A


分子量: 13257.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: His2A, H2a, His2A:CG31618, CG31618, His2A:CG33808, CG33808, His2A:CG33814, CG33814, His2A:CG33817, CG33817, His2A:CG33820, CG33820, His2A:CG33823, CG33823, His2A:CG33826, CG33826, His2A: ...遺伝子: His2A, H2a, His2A:CG31618, CG31618, His2A:CG33808, CG33808, His2A:CG33814, CG33814, His2A:CG33817, CG33817, His2A:CG33820, CG33820, His2A:CG33823, CG33823, His2A:CG33826, CG33826, His2A:CG33829, CG33829, His2A:CG33832, CG33832, His2A:CG33835, CG33835, His2A:CG33838, CG33838, His2A:CG33841, CG33841, His2A:CG33844, CG33844, His2A:CG33847, CG33847, His2A:CG33850, CG33850, His2A:CG33862, CG33862, His2A:CG33865, CG33865
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84051
#2: タンパク質 Histone H2B / ヒストンH2B


分子量: 13727.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: His2B, His2B:CG17949, CG17949, His2B:CG33868, CG33868, His2B:CG33870, CG33870, His2B:CG33872, CG33872, His2B:CG33874, CG33874, His2B:CG33876, CG33876, His2B:CG33878, CG33878, His2B: ...遺伝子: His2B, His2B:CG17949, CG17949, His2B:CG33868, CG33868, His2B:CG33870, CG33870, His2B:CG33872, CG33872, His2B:CG33874, CG33874, His2B:CG33876, CG33876, His2B:CG33878, CG33878, His2B:CG33880, CG33880, His2B:CG33882, CG33882, His2B:CG33884, CG33884, His2B:CG33886, CG33886, His2B:CG33888, CG33888, His2B:CG33890, CG33890, His2B:CG33892, CG33892, His2B:CG33894, CG33894, His2B:CG33896, CG33896, His2B:CG33898, CG33898, His2B:CG33900, CG33900, His2B:CG33902, CG33902, His2B:CG33904, CG33904, His2B:CG33906, CG33906, His2B:CG33908, CG33908, His2B:CG33910, CG33910
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02283
#5: タンパク質 ATP-dependent helicase fft3 / Fun thirty-related protein 3


分子量: 104629.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: fft3, snf2SR, SPAC25A8.01c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O42861, ヘリカーゼ
#6: タンパク質 Histone H3 / ヒストンH3


分子量: 15289.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: His3, His3:CG31613, CG31613, His3:CG33803, CG33803, His3:CG33806, CG33806, His3:CG33809, CG33809, His3:CG33812, CG33812, His3:CG33815, CG33815, His3:CG33818, CG33818, His3:CG33821, ...遺伝子: His3, His3:CG31613, CG31613, His3:CG33803, CG33803, His3:CG33806, CG33806, His3:CG33809, CG33809, His3:CG33812, CG33812, His3:CG33815, CG33815, His3:CG33818, CG33818, His3:CG33821, CG33821, His3:CG33824, CG33824, His3:CG33827, CG33827, His3:CG33830, CG33830, His3:CG33833, CG33833, His3:CG33836, CG33836, His3:CG33839, CG33839, His3:CG33842, CG33842, His3:CG33845, CG33845, His3:CG33848, CG33848, His3:CG33851, CG33851, His3:CG33854, CG33854, His3:CG33857, CG33857, His3:CG33860, CG33860, His3:CG33863, CG33863, His3:CG33866, CG33866
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02299
#7: タンパク質 Histone H4 / ヒストンH4


分子量: 11408.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: His4, H4, His4r, H4r, CG3379, His4:CG31611, CG31611, His4:CG33869, CG33869, His4:CG33871, CG33871, His4:CG33873, CG33873, His4:CG33875, CG33875, His4:CG33877, CG33877, His4:CG33879, ...遺伝子: His4, H4, His4r, H4r, CG3379, His4:CG31611, CG31611, His4:CG33869, CG33869, His4:CG33871, CG33871, His4:CG33873, CG33873, His4:CG33875, CG33875, His4:CG33877, CG33877, His4:CG33879, CG33879, His4:CG33881, CG33881, His4:CG33883, CG33883, His4:CG33885, CG33885, His4:CG33887, CG33887, His4:CG33889, CG33889, His4:CG33891, CG33891, His4:CG33893, CG33893, His4:CG33895, CG33895, His4:CG33897, CG33897, His4:CG33899, CG33899, His4:CG33901, CG33901, His4:CG33903, CG33903, His4:CG33905, CG33905, His4:CG33907, CG33907, His4:CG33909, CG33909
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84040

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DNA鎖 , 2種, 2分子 JI

#3: DNA鎖 DNA (167-MER)


分子量: 51783.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (167-MER)


分子量: 51325.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 of the nucleosome (Class II Fft3-nucleosome complex)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #6-#7, #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49996 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00718174
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.94325771
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d28.8347326
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1092920
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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