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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xy9 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of secondary alcohol dehydrogenases TbSADH after carrier-free immobilization based on weak intermolecular interactions | |||||||||
要素 | NADP-dependent isopropanol dehydrogenase | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Coordination complex / Activity / Stability / Enzyme Immobilization | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermoanaerobacter brockii (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.12 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, Q. / Li, X. / Yang, F. / Qu, G. / Sun, Z.T. / Wang, Y.J. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Active and stable alcohol dehydrogenase-assembled hydrogels via synergistic bridging of triazoles and metal ions. 著者: Qiang Chen / Ge Qu / Xu Li / Mingjian Feng / Fan Yang / Yanjie Li / Jincheng Li / Feifei Tong / Shiyi Song / Yujun Wang / Zhoutong Sun / Guangsheng Luo / 要旨: Biocatalysis is increasingly replacing traditional methods of manufacturing fine chemicals due to its green, mild, and highly selective nature, but biocatalysts, such as enzymes, are generally ...Biocatalysis is increasingly replacing traditional methods of manufacturing fine chemicals due to its green, mild, and highly selective nature, but biocatalysts, such as enzymes, are generally costly, fragile, and difficult to recycle. Immobilization provides protection for the enzyme and enables its convenient reuse, which makes immobilized enzymes promising heterogeneous biocatalysts; however, their industrial applications are limited by the low specific activity and poor stability. Herein, we report a feasible strategy utilizing the synergistic bridging of triazoles and metal ions to induce the formation of porous enzyme-assembled hydrogels with increased activity. The catalytic efficiency of the prepared enzyme-assembled hydrogels toward acetophenone reduction is 6.3 times higher than that of the free enzyme, and the reusability is confirmed by the high residual catalytic activity after 12 cycles of use. A near-atomic resolution (2.1 Å) structure of the hydrogel enzyme is successfully analyzed via cryogenic electron microscopy, which indicates a structure-property relationship for the enhanced performance. In addition, the possible mechanism of gel formation is elucidated, revealing the indispensability of triazoles and metal ions, which guides the use of two other enzymes to prepare enzyme-assembled hydrogels capable of good reusability. The described strategy can pave the way for the development of practical catalytic biomaterials and immobilized biocatalysts. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xy9.cif.gz | 272.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xy9.ent.gz | 217.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xy9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xy9_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xy9_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xy9_validation.xml.gz | 49.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xy9_validation.cif.gz | 75.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xy9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xy9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33514MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38524.695 Da / 分子数: 4 / 変異: I86N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoanaerobacter brockii (バクテリア) 遺伝子: adh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14941, isopropanol dehydrogenase (NADP+) #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: enzyme assembled gel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Thermoanaerobacter brockii (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 2.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1254312 / 対称性のタイプ: POINT |