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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xxb | |||||||||
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タイトル | IAA bound state of AtPIN3 | |||||||||
要素 | Auxin efflux carrier component 3 | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / PIN-FORMED (PIN) protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tropism / root hair initiation / positive gravitropism / auxin export across the plasma membrane / auxin efflux transmembrane transporter activity / root hair elongation / auxin polar transport / gravitropism / root development / auxin-activated signaling pathway ...tropism / root hair initiation / positive gravitropism / auxin export across the plasma membrane / auxin efflux transmembrane transporter activity / root hair elongation / auxin polar transport / gravitropism / root development / auxin-activated signaling pathway / vesicle membrane / response to light stimulus / lateral plasma membrane / cell surface / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å | |||||||||
データ登録者 | Su, N. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Structures and mechanisms of the Arabidopsis auxin transporter PIN3. 著者: Nannan Su / Aiqin Zhu / Xin Tao / Zhong Jie Ding / Shenghai Chang / Fan Ye / Yan Zhang / Cheng Zhao / Qian Chen / Jiangqin Wang / Chen Yu Zhou / Yirong Guo / Shasha Jiao / Sufen Zhang / Han ...著者: Nannan Su / Aiqin Zhu / Xin Tao / Zhong Jie Ding / Shenghai Chang / Fan Ye / Yan Zhang / Cheng Zhao / Qian Chen / Jiangqin Wang / Chen Yu Zhou / Yirong Guo / Shasha Jiao / Sufen Zhang / Han Wen / Lixin Ma / Sheng Ye / Shao Jian Zheng / Fan Yang / Shan Wu / Jiangtao Guo / 要旨: The PIN-FORMED (PIN) protein family of auxin transporters mediates polar auxin transport and has crucial roles in plant growth and development. Here we present cryo-electron microscopy structures of ...The PIN-FORMED (PIN) protein family of auxin transporters mediates polar auxin transport and has crucial roles in plant growth and development. Here we present cryo-electron microscopy structures of PIN3 from Arabidopsis thaliana in the apo state and in complex with its substrate indole-3-acetic acid and the inhibitor N-1-naphthylphthalamic acid (NPA). A. thaliana PIN3 exists as a homodimer, and its transmembrane helices 1, 2 and 7 in the scaffold domain are involved in dimerization. The dimeric PIN3 forms a large, joint extracellular-facing cavity at the dimer interface while each subunit adopts an inward-facing conformation. The structural and functional analyses, along with computational studies, reveal the structural basis for the recognition of indole-3-acetic acid and NPA and elucidate the molecular mechanism of NPA inhibition on PIN-mediated auxin transport. The PIN3 structures support an elevator-like model for the transport of auxin, whereby the transport domains undergo up-down rigid-body motions and the dimerized scaffold domains remain static. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xxb.cif.gz | 266.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xxb.ent.gz | 210.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xxb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xxb_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xxb_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xxb_validation.xml.gz | 32.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xxb_validation.cif.gz | 45.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/7xxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/7xxb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33500MC 7wksC 7wkwC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73983.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PIN3, At1g70940, F15H11.14 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9S7Z8 #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: IAA-bound state AtPIN3(AtPIN3-IAA) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK 293 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 52 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 177699 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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