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万見
- PDB-7xr2: 3.1 Angstrom cryoEM icosahedral reconstruction of mud crab reovirus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xr2
タイトル3.1 Angstrom cryoEM icosahedral reconstruction of mud crab reovirus
要素
  • VP11
  • VP12
  • VP3
キーワードVIRUS / Reovirus / ds-RNA virus
機能・相同性VP3 / VP11 / VP12
機能・相同性情報
生物種Scylla serrata reovirus SZ-2007 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang, Q. / Gao, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570736 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31672677 中国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023
タイトル: The structure of a 12-segmented dsRNA reovirus: New insights into capsid stabilization and organization.
著者: Qinfen Zhang / Yuanzhu Gao / Matthew L Baker / Shanshan Liu / Xudong Jia / Haidong Xu / Jianguo He / Jason T Kaelber / Shaoping Weng / Wen Jiang /
要旨: Infecting a wide range of hosts, members of Reovirales (formerly Reoviridae) consist of a genome with different numbers of segmented double stranded RNAs (dsRNA) encapsulated by a proteinaceous shell ...Infecting a wide range of hosts, members of Reovirales (formerly Reoviridae) consist of a genome with different numbers of segmented double stranded RNAs (dsRNA) encapsulated by a proteinaceous shell and carry out genome replication and transcription inside the virion. Several cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of reoviruses with 9, 10 or 11 segmented dsRNA genomes have revealed insights into genome arrangement and transcription. However, the structure and genome arrangement of 12-segmented Reovirales members remain poorly understood. Using cryo-EM, we determined the structure of mud crab reovirus (MCRV), a 12-segmented dsRNA virus that is a putative member of Reovirales in the non-turreted Sedoreoviridae family, to near-atomic resolutions with icosahedral symmetry (3.1 Å) and without imposing icosahedral symmetry (3.4 Å). These structures revealed the organization of the major capsid proteins in two layers: an outer T = 13 layer consisting of VP12 trimers and unique VP11 clamps, and an inner T = 1 layer consisting of VP3 dimers. Additionally, ten RNA dependent RNA polymerases (RdRp) were well resolved just below the VP3 layer but were offset from the 5-fold axes and arranged with D5 symmetry, which has not previously been seen in other members of Reovirales. The N-termini of VP3 were shown to adopt four unique conformations; two of which anchor the RdRps, while the other two conformations are likely involved in genome organization and capsid stability. Taken together, these structures provide a new level of understanding for capsid stabilization and genome organization of segmented dsRNA viruses.
履歴
登録2022年5月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP3
B: VP3
1: VP11
2: VP11
a: VP12
b: VP12
c: VP12
d: VP12
e: VP12
f: VP12
g: VP12
h: VP12
i: VP12
j: VP12
k: VP12
l: VP12
m: VP12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)628,04317
ポリマ－628,04317
非ポリマー00
水00
1
A: VP3
B: VP3
1: VP11
2: VP11
a: VP12
b: VP12
c: VP12
d: VP12
e: VP12
f: VP12
g: VP12
h: VP12
i: VP12
j: VP12
k: VP12
l: VP12
m: VP12
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,682,5611020
ポリマ－37,682,5611020
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP3
B: VP3
1: VP11
2: VP11
a: VP12
b: VP12
c: VP12
d: VP12
e: VP12
f: VP12
g: VP12
h: VP12
i: VP12
j: VP12
k: VP12
l: VP12
m: VP12
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 3.14 MDa, 85 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,140,21385
ポリマ－3,140,21385
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP3
B: VP3
1: VP11
2: VP11
a: VP12
b: VP12
c: VP12
d: VP12
e: VP12
f: VP12
g: VP12
h: VP12
i: VP12
j: VP12
k: VP12
l: VP12
m: VP12
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3.77 MDa, 102 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,768,256102
ポリマ－3,768,256102
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 VP3


分子量: 97019.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Scylla serrata reovirus SZ-2007 (ウイルス)
参照: UniProt: E9LEU6
#2: タンパク質 VP11


分子量: 23750.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Scylla serrata reovirus SZ-2007 (ウイルス)
参照: UniProt: G9BDA7
#3: タンパク質
VP12


分子量: 29730.963 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Scylla serrata reovirus SZ-2007 (ウイルス)
参照: UniProt: G9BDA8

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Scylla serrata reovirus SZ-2007 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Scylla serrata reovirus SZ-2007 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Scylla serrata
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 128440 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Calibrated defocus min: 600 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 1.1 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3595
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 16 / 利用したフレーム数/画像: 1-16

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14rc1_3161: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN22.1粒子像選択
2SerialEM3.6画像取得
4jspr2014CTF補正
10jspr2014初期オイラー角割当
11jspr2014最終オイラー角割当
13jspr2014３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 58095
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58095 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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