PDB-7xns: SARS-CoV-2 Omicron BA.4 variant spike

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xns

タイトル

SARS-CoV-2 Omicron BA.4 variant spike

要素

Spike glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Omicron / BA.2.12.1 / spike

機能・相同性

機能・相同性情報

Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å

データ登録者

Wang, X. / Wang, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: BA.2.12.1, BA.4 and BA.5 escape antibodies elicited by Omicron infection.
著者: Yunlong Cao / Ayijiang Yisimayi / Fanchong Jian / Weiliang Song / Tianhe Xiao / Lei Wang / Shuo Du / Jing Wang / Qianqian Li / Xiaosu Chen / Yuanling Yu / Peng Wang / Zhiying Zhang / Pulan ...
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron sublineages BA.2.12.1, BA.4 and BA.5 exhibit higher transmissibility than the BA.2 lineage. The receptor binding and immune- ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron sublineages BA.2.12.1, BA.4 and BA.5 exhibit higher transmissibility than the BA.2 lineage. The receptor binding and immune-evasion capability of these recently emerged variants require immediate investigation. Here, coupled with structural comparisons of the spike proteins, we show that BA.2.12.1, BA.4 and BA.5 (BA.4 and BA.5 are hereafter referred collectively to as BA.4/BA.5) exhibit similar binding affinities to BA.2 for the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor. Of note, BA.2.12.1 and BA.4/BA.5 display increased evasion of neutralizing antibodies compared with BA.2 against plasma from triple-vaccinated individuals or from individuals who developed a BA.1 infection after vaccination. To delineate the underlying antibody-evasion mechanism, we determined the escape mutation profiles, epitope distribution and Omicron-neutralization efficiency of 1,640 neutralizing antibodies directed against the receptor-binding domain of the viral spike protein, including 614 antibodies isolated from people who had recovered from BA.1 infection. BA.1 infection after vaccination predominantly recalls humoral immune memory directed against ancestral (hereafter referred to as wild-type (WT)) SARS-CoV-2 spike protein. The resulting elicited antibodies could neutralize both WT SARS-CoV-2 and BA.1 and are enriched on epitopes on spike that do not bind ACE2. However, most of these cross-reactive neutralizing antibodies are evaded by spike mutants L452Q, L452R and F486V. BA.1 infection can also induce new clones of BA.1-specific antibodies that potently neutralize BA.1. Nevertheless, these neutralizing antibodies are largely evaded by BA.2 and BA.4/BA.5 owing to D405N and F486V mutations, and react weakly to pre-Omicron variants, exhibiting narrow neutralization breadths. The therapeutic neutralizing antibodies bebtelovimab and cilgavimab can effectively neutralize BA.2.12.1 and BA.4/BA.5, whereas the S371F, D405N and R408S mutations undermine most broadly sarbecovirus-neutralizing antibodies. Together, our results indicate that Omicron may evolve mutations to evade the humoral immunity elicited by BA.1 infection, suggesting that BA.1-derived vaccine boosters may not achieve broad-spectrum protection against new Omicron variants.

履歴

登録	2022年4月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xns.cif.gz	592.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xns.ent.gz	489.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xns.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xns_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xns_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	7xns_validation.xml.gz	96.3 KB	表示
CIF形式データ	7xns_validation.cif.gz	141.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/7xns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/7xns	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	33325MC 32718C 32732C 32734C 32738C 33019C 33210C 33211C 33212C 33213C 33323C 33324C 7wr8C 7wrlC 7wroC 7wrzC 7x6aC 7xiwC 7xixC 7xiyC 7xizC 7xnqC 7xnrC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Spike glycoprotein

B: Spike glycoprotein

C: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

438 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質

Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein

分子量: 141208.578 Da / 分子数: 3 / 変異: K986P, V987P / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Omicron BA.2.12.1 variant
由来: (組換発現)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: SARS-CoV-2 Omicron BA.2.12.1 variant spike / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: DARK FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 364517 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	27225
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.569	37077
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	8.384	3924
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.048	4365
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	4722

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