[日本語] English
万見
- PDB-7xdi: Tail structure of bacteriophage SSV19 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xdi
タイトルTail structure of bacteriophage SSV19
要素
  • B210
  • C131
  • VP1
  • VP4
キーワードVIRAL PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Structural protein VP1/VP3 / Structural protein VP1/VP3 / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
VP4 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus spindle-shaped virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Liu, H.R. / Chen, W.Y.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970170 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91951000 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071209 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971122 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structural insights into a spindle-shaped archaeal virus with a sevenfold symmetrical tail.
著者: Zhen Han / Wanjuan Yuan / Hao Xiao / Li Wang / Junxia Zhang / Yuning Peng / Lingpeng Cheng / Hongrong Liu / Li Huang /
要旨: Archaeal viruses with a spindle-shaped virion are abundant and widespread in extremely diverse environments. However, efforts to obtain the high-resolution structure of a spindle-shaped virus have ...Archaeal viruses with a spindle-shaped virion are abundant and widespread in extremely diverse environments. However, efforts to obtain the high-resolution structure of a spindle-shaped virus have been unsuccessful. Here, we present the structure of SSV19, a spindle-shaped virus infecting the hyperthermophilic archaeon sp. E11-6. Our near-atomic structure reveals an unusual sevenfold symmetrical virus tail consisting of the tailspike, nozzle, and adaptor proteins. The spindle-shaped capsid shell is formed by seven left-handed helical strands, constructed of the hydrophobic major capsid protein, emanating from the highly glycosylated tail assembly. Sliding between adjacent strands is responsible for the variation of a virion in size. Ultrathin sections of the SSV19-infected cells show that SSV19 virions adsorb to the host cell membrane through the tail after penetrating the S-layer. The tailspike harbors a putative endo-mannanase domain, which shares structural similarity to a endo-mannanase. Molecules of glycerol dibiphytanyl glycerol tetraether lipid were observed in hydrophobic clefts between the tail and the capsid shell. The nozzle protein resembles the stem and clip domains of the portals of herpesviruses and bacteriophages, implying an evolutionary relationship among the archaeal, bacterial, and eukaryotic viruses.
履歴
登録2022年3月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP1
C: VP1
D: C131
E: B210
F: VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,8686
ポリマ－202,8686
非ポリマー00
水00
1
A: VP1
B: VP1
C: VP1
D: C131
E: B210
F: VP4
x 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,420,07742
ポリマ－1,420,07742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation6
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C7 (7回回転対称))

-
要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 9282.206 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus spindle-shaped virus (ウイルス)
参照: UniProt: A0A5Q0V137
#2: タンパク質 C131


分子量: 14753.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus spindle-shaped virus (ウイルス)
参照: UniProt: A0A5Q0V0G9
#3: タンパク質 B210


分子量: 23195.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus spindle-shaped virus (ウイルス)
参照: UniProt: A0A5Q0V0F6
#4: タンパク質 VP4


分子量: 137071.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus spindle-shaped virus (ウイルス)
参照: UniProt: A0A5Q0V0A2

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Sulfolobus spindle-shaped virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sulfolobus spindle-shaped virus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 35 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49361 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037879
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69610813
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.5991035
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431290
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061321

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る