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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xdg | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structures of human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme in a ternary complex with NAD+ and allosteric inhibitor MDSA | |||||||||
![]() | NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme (ME2) / inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | ![]() malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malic enzyme activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / Pyruvate metabolism / malate metabolic process / pyruvate metabolic process / Mitochondrial protein degradation ...malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malic enzyme activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / Pyruvate metabolism / malate metabolic process / pyruvate metabolic process / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / electron transfer activity / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å | |||||||||
![]() | Wang, C.H. / Hsieh, J.T. / Ho, M.C. / Hung, H.C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Suppression of the human malic enzyme 2 modifies energy metabolism and inhibits cellular respiration 著者: Hsieh, J.Y. / Chen, K.C. / Wang, C.H. / Liu, G.Y. / Ye, J.A. / Chou, Y.T. / Lin, Y.C. / Lyu, C.J. / Chang, R.Y. / Liu, Y.L. / Li, Y.H. / Lee, M.R. / Ho, M.C. / Hung, H.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 381.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 319.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 84.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 118.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 33147MC ![]() 7xdeC ![]() 7xdfC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65521.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P23368, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-D5S / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme in apo form タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44386 / 対称性のタイプ: POINT |