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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xde | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structures of human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme in apo form | |||||||||
要素 | NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme (ME2) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malic enzyme activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / malate metabolic process / pyruvate metabolic process / Mitochondrial protein degradation ...malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malic enzyme activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / malate metabolic process / pyruvate metabolic process / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / electron transfer activity / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, C.H. / Hsieh, J.T. / Ho, M.C. / Hung, H.C. | |||||||||
資金援助 | 台湾, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023 タイトル: Suppression of the human malic enzyme 2 modifies energy metabolism and inhibits cellular respiration 著者: Hsieh, J.Y. / Chen, K.C. / Wang, C.H. / Liu, G.Y. / Ye, J.A. / Chou, Y.T. / Lin, Y.C. / Lyu, C.J. / Chang, R.Y. / Liu, Y.L. / Li, Y.H. / Lee, M.R. / Ho, M.C. / Hung, H.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xde.cif.gz | 384.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xde.ent.gz | 320.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xde.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xde_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xde_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xde_validation.xml.gz | 74.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xde_validation.cif.gz | 108 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/7xde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/7xde | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33145MC 7xdfC 7xdgC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65521.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ME2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P23368, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) #2: 化合物 | ChemComp-NAD / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme in apo form タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 90061 / 対称性のタイプ: POINT |