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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xbk | |||||||||
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タイトル | Structure and mechanism of a mitochondrial AAA+ disaggregase CLPB | |||||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE / CLPB / AAA-ATPase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 granulocyte differentiation / RIG-I signaling pathway / ATP-dependent protein disaggregase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / antiviral innate immune response / mitochondrial intermembrane space / cellular response to heat / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu, D. / Liu, Y. / Dai, Y. / Wang, G. / Lu, G. / Chen, Y. / Li, N. / Lin, J. / Gao, N. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2023 タイトル: Comprehensive structural characterization of the human AAA+ disaggregase CLPB in the apo- and substrate-bound states reveals a unique mode of action driven by oligomerization. 著者: Damu Wu / Yan Liu / Yuhao Dai / Guopeng Wang / Guoliang Lu / Yan Chen / Ningning Li / Jinzhong Lin / Ning Gao / 要旨: The human AAA+ ATPase CLPB (SKD3) is a protein disaggregase in the mitochondrial intermembrane space (IMS) and functions to promote the solubilization of various mitochondrial proteins. Loss-of- ...The human AAA+ ATPase CLPB (SKD3) is a protein disaggregase in the mitochondrial intermembrane space (IMS) and functions to promote the solubilization of various mitochondrial proteins. Loss-of-function CLPB mutations are associated with a few human diseases with neutropenia and neurological disorders. Unlike canonical AAA+ proteins, CLPB contains a unique ankyrin repeat domain (ANK) at its N-terminus. How CLPB functions as a disaggregase and the role of its ANK domain are currently unclear. Herein, we report a comprehensive structural characterization of human CLPB in both the apo- and substrate-bound states. CLPB assembles into homo-tetradecamers in apo-state and is remodeled into homo-dodecamers upon substrate binding. Conserved pore-loops (PLs) on the ATPase domains form a spiral staircase to grip and translocate the substrate in a step-size of 2 amino acid residues. The ANK domain is not only responsible for maintaining the higher-order assembly but also essential for the disaggregase activity. Interactome analysis suggests that the ANK domain may directly interact with a variety of mitochondrial substrates. These results reveal unique properties of CLPB as a general disaggregase in mitochondria and highlight its potential as a target for the treatment of various mitochondria-related diseases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xbk.cif.gz | 599.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xbk.ent.gz | 471.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xbk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xbk_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xbk_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xbk_validation.xml.gz | 89.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xbk_validation.cif.gz | 132.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/7xbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/7xbk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33104MC 7xc5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75566.336 Da / 分子数: 9 / 変異: E425Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLPB, HSP78, SKD3 / Variant: Q9H078-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H078, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1464.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-ATP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CLPB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Acetare |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45907 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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