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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xa9 | ||||||
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タイトル | Structure of Arabidopsis thaliana CLCa | ||||||
要素 | Chloride channel protein CLC-a | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / nitrate / antiporter / transport protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrate:proton symporter activity / nitrate transmembrane transport / nitrate transmembrane transporter activity / response to nitrate / plant-type vacuole membrane / voltage-gated chloride channel activity / chloride transport / chloride channel complex 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å | ||||||
データ登録者 | Ji, S. / Jin, H. / Kaiming, Z. / Mingxing, W. / Shanshan, L. / Long, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the plant nitrate transporter AtCLCa reveals characteristics of the anion-binding site and the ATP-binding pocket. 著者: Jin He / Mingxing Wang / Shanshan Li / Long Chen / Kaiming Zhang / Ji She / 要旨: Nitrate is one of the major nitrogen sources for most plants. Chloride channel (CLC) proteins mediate the transport and vacuole storage of nitrate in plants, but the structural basis of nitrate ...Nitrate is one of the major nitrogen sources for most plants. Chloride channel (CLC) proteins mediate the transport and vacuole storage of nitrate in plants, but the structural basis of nitrate transport by plant CLC proteins remains unknown. Here, we solved the cryo-EM structure of ATP-bound Arabidopsis thaliana CLCa (AtCLCa) at 2.8 Å resolution. Structural comparison between nitrate-selective AtCLCa and chloride-selective CLC-7 reveals key differences in the central anion-binding site. We observed that the central nitrate is shifted by ∼1.4 Å from chloride, which is likely caused by a weaker interaction between the anion and Pro160; the side chains of aromatic residues around the central binding site are rearranged to accommodate the larger nitrate. Additionally, we identified the ATP-binding pocket of AtCLCa to be located between the cytosolic cystathionine β-synthase domains and the N-terminus. The N-terminus may mediate the ATP inhibition of AtCLCa by interacting with both ATP and the pore-forming transmembrane helix. Together, our studies provide insights into the nitrate selectivity and ATP regulation of plant CLCs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xa9.cif.gz | 242.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xa9.ent.gz | 199.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xa9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xa9_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xa9_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xa9_validation.xml.gz | 53.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xa9_validation.cif.gz | 78 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/7xa9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/7xa9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33088MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88176.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: CLC-A, CBSCLC5, At5g40890, MHK7.12 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P92941 #2: 化合物 | ChemComp-NO3 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: AtCLCa / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2913673 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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