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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x84 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the TMEM106B fibril from Parkinson's disease dementia | ||||||
![]() | Transmembrane protein 106B | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / amyloid | ||||||
機能・相同性 | ![]() lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane ...lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane / ATPase binding / lysosome / endosome / lysosomal membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
![]() | Zhao, Q.Y. / Xia, W.C. / Fan, Y. / Sun, Y.P. / Tao, Y.Q. / Liu, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Generic amyloid fibrillation of TMEM106B in patient with Parkinson's disease dementia and normal elders. 著者: Yun Fan / Qinyue Zhao / Wencheng Xia / Youqi Tao / Wenbo Yu / Mingjia Chen / Yiqi Liu / Jue Zhao / Yan Shen / Yunpeng Sun / Chenfang Si / Shenqing Zhang / Yaoyang Zhang / Wensheng Li / Cong ...著者: Yun Fan / Qinyue Zhao / Wencheng Xia / Youqi Tao / Wenbo Yu / Mingjia Chen / Yiqi Liu / Jue Zhao / Yan Shen / Yunpeng Sun / Chenfang Si / Shenqing Zhang / Yaoyang Zhang / Wensheng Li / Cong Liu / Jian Wang / Dan Li / ![]() | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 963.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 968.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 33055MC ![]() 7x83C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15502.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: the fibril formed by TMEM106B from Parkinson's disease dementia タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -0.45 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.83 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17752 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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