+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x7u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta variant spike protein in complex with three nAbs X01, X10 and X17 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 Delta variant / Neutralizing antibody / Cryo-EM / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.77 Å | ||||||
![]() | Sun, H. / Liu, L. / Zhang, T. / Zheng, Q. / Li, S. / Xia, N. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: The neutralizing breadth of antibodies targeting diverse conserved epitopes between SARS-CoV and SARS-CoV-2. 著者: Hualong Xiong / Hui Sun / Siling Wang / Lunzhi Yuan / Liqin Liu / Yuhe Zhu / Jinlei Zhang / Yang Huang / Ruoyao Qi / Yao Jiang / Jian Ma / Ming Zhou / Yue Ma / Rao Fu / Siping Yan / Mingxi ...著者: Hualong Xiong / Hui Sun / Siling Wang / Lunzhi Yuan / Liqin Liu / Yuhe Zhu / Jinlei Zhang / Yang Huang / Ruoyao Qi / Yao Jiang / Jian Ma / Ming Zhou / Yue Ma / Rao Fu / Siping Yan / Mingxi Yue / Yangtao Wu / Min Wei / Yizhen Wang / Tingting Li / Yingbin Wang / Zizheng Zheng / Hai Yu / Tong Cheng / Shaowei Li / Quan Yuan / Jun Zhang / Yi Guan / Qingbing Zheng / Tianying Zhang / Ningshao Xia / ![]() 要旨: Antibody therapeutics for the treatment of COVID-19 have been highly successful. However, the recent emergence of the Omicron variant has posed a challenge, as it evades detection by most existing ...Antibody therapeutics for the treatment of COVID-19 have been highly successful. However, the recent emergence of the Omicron variant has posed a challenge, as it evades detection by most existing SARS-CoV-2 neutralizing antibodies (nAbs). Here, we successfully generated a panel of SARS-CoV-2/SARS-CoV cross-neutralizing antibodies by sequential immunization of the two pseudoviruses. Of the potential candidates, we found that nAbs X01, X10, and X17 offer broad neutralizing potential against most variants of concern, with X17 further identified as a Class 5 nAb with undiminished neutralization against the Omicron variant. Cryo-electron microscopy structures of the three antibodies together in complex with each of the spike proteins of the prototypical SARS-CoV, SARS-CoV-2, and Delta and Omicron variants of SARS-CoV-2 defined three nonoverlapping conserved epitopes on the receptor-binding domain. The triple-antibody mixture exhibited enhanced resistance to viral evasion and effective protection against infection of the Beta variant in hamsters. Our findings will aid the development of antibody therapeutics and broad vaccines against SARS-CoV-2 and its emerging variants. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 128.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 853.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 858.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 33048MC ![]() 7x7tC ![]() 7x7vC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-抗体 , 6種, 6分子 LHBADC
#2: 抗体 | 分子量: 12102.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#3: 抗体 | 分子量: 13396.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: 抗体 | 分子量: 11770.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: 抗体 | 分子量: 13154.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: 抗体 | 分子量: 11783.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: 抗体 | 分子量: 13057.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 G![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 23002.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: S, 2 / Variant: Delta / 発現宿主: ![]() |
---|---|
#8: 糖 | ChemComp-NAG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-
解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127022 / 対称性のタイプ: POINT |