+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x6u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SFTSV 3 fold hexmer | ||||||
要素 | (Envelopment polyprotein) x 2 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Virus / Glycoproteins / prefusion / heterodimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, Z. / Lou, Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023 タイトル: Architecture of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus. 著者: Zixian Sun / Jing Cheng / Yuan Bai / Lin Cao / Daoxin Xie / Fei Deng / Xinzheng Zhang / Zihe Rao / Zhiyong Lou / | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x6u.cif.gz | 164.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7x6u.ent.gz | 125.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x6u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x6u_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7x6u_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7x6u_validation.xml.gz | 42.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x6u_validation.cif.gz | 59.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/7x6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/7x6u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33027MC 7x6wC 7x72C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
| x 6
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61745.293 Da / 分子数: 1 / 断片: Gn / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス) 細胞株: Vero / 参照: UniProt: A0A1S6XXI4 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 54927.797 Da / 分子数: 1 / 断片: Gc / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス) 細胞株: Vero / 参照: UniProt: A0A1S6XXK1 |
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: severe fever with thrombocytopenia syndrome virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.38 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45407 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|