+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x6l | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of H3 hemagglutinin from A/HongKong/01/1968 in complex with a neutralizing antibody 28-12 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / H3 hemagglutinin / A/HongKong/01/1968 / antibody 28-12 / cryo-EM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / membrane => GO:0016020 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...viral budding from plasma membrane / membrane => GO:0016020 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Cong, Y. / Liu, C.X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Unique binding pattern for a lineage of human antibodies with broad reactivity against influenza A virus. 著者: Xiaoyu Sun / Caixuan Liu / Xiao Lu / Zhiyang Ling / Chunyan Yi / Zhen Zhang / Zi Li / Mingliang Jin / Wenshuai Wang / Shubing Tang / Fangfang Wang / Fang Wang / Sonam Wangmo / Shuangfeng Chen ...著者: Xiaoyu Sun / Caixuan Liu / Xiao Lu / Zhiyang Ling / Chunyan Yi / Zhen Zhang / Zi Li / Mingliang Jin / Wenshuai Wang / Shubing Tang / Fangfang Wang / Fang Wang / Sonam Wangmo / Shuangfeng Chen / Li Li / Liyan Ma / Yaguang Zhang / Zhuo Yang / Xiaoping Dong / Zhikang Qian / Jianping Ding / Dayan Wang / Yao Cong / Bing Sun / 要旨: Most structurally characterized broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza A viruses (IAVs) target the conserved conformational epitopes of hemagglutinin (HA). Here, we report a ...Most structurally characterized broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza A viruses (IAVs) target the conserved conformational epitopes of hemagglutinin (HA). Here, we report a lineage of naturally occurring human antibodies sharing the same germline gene, V3-48/V1-12. These antibodies broadly neutralize the major circulating strains of IAV in vitro and in vivo mainly by binding a contiguous epitope of H3N2 HA, but a conformational epitope of H1N1 HA, respectively. Our structural and functional studies of antibody 28-12 revealed that the continuous amino acids in helix A, particularly N49 of H3 HA, are critical to determine the binding feature with 28-12. In contrast, the conformational epitope feature is dependent on the discontinuous segments involving helix A, the fusion peptide, and several HA1 residues within H1N1 HA. We report that this antibody was initially selected by H3 (group 2) viruses and evolved via somatic hypermutation to enhance the reactivity to H3 and acquire cross-neutralization to H1 (group 1) virus. These findings enrich our understanding of different antigenic determinants of heterosubtypic influenza viruses for the recognition of bnAbs and provide a reference for the design of influenza vaccines and more effective antiviral drugs. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x6l.cif.gz | 468.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7x6l.ent.gz | 388.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x6l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x6l_validation.pdf.gz | 747.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7x6l_full_validation.pdf.gz | 763.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7x6l_validation.xml.gz | 71.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x6l_validation.cif.gz | 108.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/7x6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/7x6l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33023MC 7x6oC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24466.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 23264.861 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #3: タンパク質 | 分子量: 36218.664 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Hong Kong/1/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Insecta environmental sample (昆虫) / 参照: UniProt: Q91MA7 #4: タンパク質 | 分子量: 20297.455 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA / 発現宿主: Insecta environmental sample (昆虫) / 参照: UniProt: A0A6M3YUT7 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of H3 hemagglutinin from A/HongKong/01/1968 in complex with a neutralizing antibody 28-12 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Insecta environmental sample (昆虫) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 38 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105383 / 対称性のタイプ: POINT |