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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wug | ||||||
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タイトル | GID subcomplex: Gid12 bound Substrate Receptor Scaffolding module | ||||||
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![]() | LIGASE / E3 ubiquitin Ligase / beta-propellor | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein catabolic process in the vacuole / GID complex / ascospore formation / traversing start control point of mitotic cell cycle / vacuole / negative regulation of gluconeogenesis / Neutrophil degranulation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell cycle ...protein catabolic process in the vacuole / GID complex / ascospore formation / traversing start control point of mitotic cell cycle / vacuole / negative regulation of gluconeogenesis / Neutrophil degranulation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell cycle / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
![]() | Qiao, S. / Cheng, J.D. / Schulman, B.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of Gid12-bound GID E3 reveal steric blockade as a mechanism inhibiting substrate ubiquitylation. 著者: Shuai Qiao / Chia-Wei Lee / Dawafuti Sherpa / Jakub Chrustowicz / Jingdong Cheng / Maximilian Duennebacke / Barbara Steigenberger / Ozge Karayel / Duc Tung Vu / Susanne von Gronau / Matthias ...著者: Shuai Qiao / Chia-Wei Lee / Dawafuti Sherpa / Jakub Chrustowicz / Jingdong Cheng / Maximilian Duennebacke / Barbara Steigenberger / Ozge Karayel / Duc Tung Vu / Susanne von Gronau / Matthias Mann / Florian Wilfling / Brenda A Schulman / ![]() ![]() ![]() 要旨: Protein degradation, a major eukaryotic response to cellular signals, is subject to numerous layers of regulation. In yeast, the evolutionarily conserved GID E3 ligase mediates glucose-induced ...Protein degradation, a major eukaryotic response to cellular signals, is subject to numerous layers of regulation. In yeast, the evolutionarily conserved GID E3 ligase mediates glucose-induced degradation of fructose-1,6-bisphosphatase (Fbp1), malate dehydrogenase (Mdh2), and other gluconeogenic enzymes. "GID" is a collection of E3 ligase complexes; a core scaffold, RING-type catalytic core, and a supramolecular assembly module together with interchangeable substrate receptors select targets for ubiquitylation. However, knowledge of additional cellular factors directly regulating GID-type E3s remains rudimentary. Here, we structurally and biochemically characterize Gid12 as a modulator of the GID E3 ligase complex. Our collection of cryo-EM reconstructions shows that Gid12 forms an extensive interface sealing the substrate receptor Gid4 onto the scaffold, and remodeling the degron binding site. Gid12 also sterically blocks a recruited Fbp1 or Mdh2 from the ubiquitylation active sites. Our analysis of the role of Gid12 establishes principles that may more generally underlie E3 ligase regulation. #1: ![]() タイトル: GID E3 ligase supramolecular chelate assembly configures multipronged ubiquitin targeting of an oligomeric metabolic enzyme 著者: Sherpa, D. / Chrustowicz, J. / Qiao, S. / Langlois, C.R. / Hehl, L.A. / Gottemukkala, K.V. / Hansen, F.M. / Karayel, O. / von Gronau, S. / Prabu, J.R. / Mann, M. / Alpi, A.F. / Schulman, B.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 422.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 323.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 764.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 772.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 56.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 87 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 32830MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 105658.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VID28, GID5, YIL017C 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P40547 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51789.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GID8, DCR1, YMR135C, YM9375.04C 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P40208 |
#3: タンパク質 | 分子量: 108287.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SCNYR20_0003002900, SCP684_0002002900 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0A6L0ZCH7 |
#4: タンパク質 | 分子量: 41291.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SCP684_0007018400 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0A6A5Q1W0 |
#5: タンパク質 | 分子量: 81564.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS770, PACBIOSEQ_LOCUS781, SCNYR20_0001006100, SCP684_0001006100 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0A6A5Q188 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Gid12-SRS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.392 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 6.5 / 詳細: 25mM MES pH6.5 + 500mM NaCl + 1mM DTT |
試料 | 濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 39 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.335 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198503 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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