[日本語] English
万見
- PDB-7wjx: Adeno-associated virus serotype 9 in complex with AAVR -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wjx
タイトルAdeno-associated virus serotype 9 in complex with AAVR
要素
  • Capsid protein VP1
  • Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
キーワードVIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / neuron migration / cytoplasmic vesicle / Golgi membrane / nucleolus / structural molecule activity / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dyslexia-associated protein KIAA0319-like / MANSC domain / MANSC domain profile. / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Phospholipase A2-like domain ...Dyslexia-associated protein KIAA0319-like / MANSC domain / MANSC domain profile. / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1 / Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Adeno-associated virus 9 (アデノ随伴ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Xu, G. / Lou, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Ther Methods Clin Dev / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the neurotropic AAV9 and the engineered AAVPHP.eB recognition with cellular receptors.
著者: Guangxue Xu / Ran Zhang / Huapeng Li / Kaixin Yin / Xinyi Ma / Zhiyong Lou /
要旨: Clade F adeno-associated virus (AAV) 9 has been utilized as therapeutic gene delivery vector, and it is capable of crossing blood brain barrier (BBB). Recently, an AAV9-based engineering serotype ...Clade F adeno-associated virus (AAV) 9 has been utilized as therapeutic gene delivery vector, and it is capable of crossing blood brain barrier (BBB). Recently, an AAV9-based engineering serotype AAVPHP.eB with enhanced BBB crossing ability further expanded clade F AAVs' usages in the murine central nervous system (CNS) gene delivery. In this study, we determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the AAVPHP.eB and its parental serotype AAV9 in native form or in complex with their essential receptor AAV receptor (AAVR). These structures reveal the molecular details of their AAVR recognition, where the polycystic kidney disease repeat domain 2 (PKD2) of AAVR interacts with AAV9 and AAVPHP.eB virions at the 3-fold protrusions and the raised capsid regions between the 2- and 5-fold axes, termed the 2/5-fold wall. The interacting patterns of AAVR to AAV9 and AAVPHP.eB are similar to what was observed in AAV1/AAV2-AAVR complexes. Moreover, we found that the AAVPHP.eB variable region VIII (VR-VIII) may independently facilitate the new receptor recognition responsible for enhanced CNS transduction. Our study provides insights into the recognition principles of multiple receptors for engineered AAVPHP.eB and parental serotype AAV9, and further reveal the potential molecular basis underlying their different tropisms.
履歴
登録2022年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / em_admin
Item: _citation.country / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
R: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
A: Capsid protein VP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9462
ポリマ－68,9462
非ポリマー00
水00
1
R: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
A: Capsid protein VP1
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,136,763120
ポリマ－4,136,763120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
R: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
A: Capsid protein VP1
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 345 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,73010
ポリマ－344,73010
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
R: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
A: Capsid protein VP1
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 414 kDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,67612
ポリマ－413,67612
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質 Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein / Adeno-associated virus receptor / AAVR


分子量: 10471.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IZA0
#2: タンパク質 Capsid protein VP1


分子量: 58474.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus 9 (アデノ随伴ウイルス)
遺伝子: cap / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6JC40

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Adeno-associated virus 9COMPLEXall0RECOMBINANT
2AAVRCOMPLEX#11RECOMBINANT
3virusVIRUS#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Adeno-associated virus 9 (アデノ随伴ウイルス)235455
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Homo sapiens (ヒト)9606HEK293
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 35.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12461 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0075017
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6426838
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.481666
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.045720
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005908

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る