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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wiw | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis irtAB complexed with ATP in an occluded conformation | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / IrtAB / ABC exporter-liker importer / Iron-loaded siderophore / Mycobacterium tuberculosis | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron acquisition from host / トランスロカーゼ; 無機カチオンとそのキレートの輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / siderophore-iron transmembrane transporter activity / siderophore-dependent iron import into cell / Mtb iron assimilation by chelation / cellular response to iron ion starvation / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / FAD binding / intracellular iron ion homeostasis ...iron acquisition from host / トランスロカーゼ; 無機カチオンとそのキレートの輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / siderophore-iron transmembrane transporter activity / siderophore-dependent iron import into cell / Mtb iron assimilation by chelation / cellular response to iron ion starvation / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / FAD binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Zhang, B. / Sun, S. / Yang, H. / Rao, Z. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structures for the Mycobacterium tuberculosis iron-loaded siderophore transporter IrtAB. 著者: Shan Sun / Yan Gao / Xiaolin Yang / Xiuna Yang / Tianyu Hu / Jingxi Liang / Zhiqi Xiong / Yuting Ran / Pengxuan Ren / Fang Bai / Luke W Guddat / Haitao Yang / Zihe Rao / Bing Zhang / 要旨: The adenosine 5'-triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporter, IrtAB, plays a vital role in the replication and viability of Mycobacterium tuberculosis (Mtb), where its function is to import ...The adenosine 5'-triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporter, IrtAB, plays a vital role in the replication and viability of Mycobacterium tuberculosis (Mtb), where its function is to import iron-loaded siderophores. Unusually, it adopts the canonical type IV exporter fold. Herein, we report the structure of unliganded Mtb IrtAB and its structure in complex with ATP, ADP, or ATP analogue (AMP-PNP) at resolutions ranging from 2.8 to 3.5 Å. The structure of IrtAB bound ATP-Mg2+ shows a "head-to-tail" dimer of nucleotide-binding domains (NBDs), a closed amphipathic cavity within the transmembrane domains (TMDs), and a metal ion liganded to three histidine residues of IrtA in the cavity. Cryo-electron microscopy (Cryo-EM) structures and ATP hydrolysis assays show that the NBD of IrtA has a higher affinity for nucleotides and increased ATPase activity compared with IrtB. Moreover, the metal ion located in the TM region of IrtA is critical for the stabilization of the conformation of IrtAB during the transport cycle. This study provides a structural basis to explain the ATP-driven conformational changes that occur in IrtAB. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wiw.cif.gz | 204.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wiw.ent.gz | 158.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wiw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wiw_validation.pdf.gz | 1007.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wiw_full_validation.pdf.gz | 1020.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7wiw_validation.xml.gz | 35.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wiw_validation.cif.gz | 54.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7wiw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7wiw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61008.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: irtB, Rv1349, MTCY02B10.13 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: P9WQJ7, トランスロカーゼ; 無機カチオンとそのキレートの輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 93070.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: irtA, Rv1348, MTCY02B10.12 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: P9WQJ9, トランスロカーゼ; 無機カチオンとそのキレートの輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: IrtAB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101408 / 対称性のタイプ: POINT |