+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wfg | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Subcomplexes A and E in NDH complex from Arabidopsis | ||||||||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Subcomplex A / subcomplex E / supercomplex / Arabidopsis / plant / cyclic electron transport | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NAD(P)H dehydrogenase complex (plastoquinone) / NADH dehydrogenase complex (plastoquinone) assembly / cellular response to sulfate starvation / thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADPH dehydrogenase activity / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / plastid ...NAD(P)H dehydrogenase complex (plastoquinone) / NADH dehydrogenase complex (plastoquinone) assembly / cellular response to sulfate starvation / thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADPH dehydrogenase activity / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / plastid / chloroplast stroma / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / quinone binding / defense response to fungus / photosynthesis / chloroplast / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.33 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Pan, X.W. / Li, M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Plant / 年: 2022 タイトル: Supramolecular assembly of chloroplast NADH dehydrogenase-like complex with photosystem I from Arabidopsis thaliana. 著者: Xiaodong Su / Duanfang Cao / Xiaowei Pan / Lifang Shi / Zhenfeng Liu / Luca Dall'Osto / Roberto Bassi / Xinzheng Zhang / Mei Li / 要旨: Cyclic electron transport/flow (CET/CEF) in chloroplasts is a regulatory process essential for the optimization of plant photosynthetic efficiency. A crucial CEF pathway is catalyzed by a membrane- ...Cyclic electron transport/flow (CET/CEF) in chloroplasts is a regulatory process essential for the optimization of plant photosynthetic efficiency. A crucial CEF pathway is catalyzed by a membrane-embedded NADH dehydrogenase-like (NDH) complex that contains at least 29 protein subunits and associates with photosystem I (PSI) to form the NDH-PSI supercomplex. Here, we report the 3.9 Å resolution structure of the Arabidopsis thaliana NDH-PSI (AtNDH-PSI) supercomplex. We constructed structural models for 26 AtNDH subunits, among which 11 are unique to chloroplasts and stabilize the core part of the NDH complex. In the supercomplex, one NDH can bind up to two PSI-light-harvesting complex I (PSI-LHCI) complexes at both sides of its membrane arm. Two minor LHCIs, Lhca5 and Lhca6, each present in one PSI-LHCI, interact with NDH and contribute to supercomplex formation and stabilization. Collectively, our study reveals the structural details of the AtNDH-PSI supercomplex assembly and provides a molecular basis for further investigation of the regulatory mechanism of CEF in plants. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wfg.cif.gz | 250.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7wfg.ent.gz | 189.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wfg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/7wfg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/7wfg | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit ... , 7種, 7分子 HIJKLMN
#1: タンパク質 | 分子量: 45553.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: P56753, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 20107.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: P56755, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#3: タンパク質 | 分子量: 18579.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: P56754, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#4: タンパク質 | 分子量: 25396.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: P56756, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#5: タンパク質 | 分子量: 21987.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q9CAC5, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#6: タンパク質 | 分子量: 24820.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q2V2S7, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#7: タンパク質 | 分子量: 23430.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q9LVM2, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
-タンパク質 , 2種, 2分子 OT
#8: タンパク質 | 分子量: 17679.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: A0A178WB24 |
---|---|
#9: タンパク質 | 分子量: 10400.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: All Residues in NdhT were modeled as UNK. The real sequence of the entity is: ...詳細: All Residues in NdhT were modeled as UNK. The real sequence of the entity is: MAYATSTYARTSCIILPKIQNGAHFTDNTKAFRRITARRVTRISSQGPTKPPKPSPGVDTRIHWESPDEGWIGGRSDPAKSVDEDKTNLLSDEKFAELIKDSFDSHYQFLGVSTDAHLEEIKSAYRRLSKEYHPDTTSLPLKTASEKFMKLREVYNVLSDEETRRFYDWTLAQEVASRQAEKMRMKLEDPKEQDFRGYESIPDMVDRLGGRNMELSDQAMTALTFDILIVLFAVCCIVFVIVFKDPSY 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-非ポリマー , 1種, 3分子
#10: 化合物 |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Subcomplex A and E in NDH complex from Arabidopsis / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76085 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|