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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wdb | |||||||||||||||
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タイトル | Human TRPC5 channel in complex with riluzole | |||||||||||||||
要素 | Short transient receptor potential channel 5 | |||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / TRPC5 / riluzole / activator | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / Role of second messengers in netrin-1 signaling / negative regulation of dendrite morphogenesis / store-operated calcium channel activity / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / actinin binding / TRP channels / clathrin binding ...regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / Role of second messengers in netrin-1 signaling / negative regulation of dendrite morphogenesis / store-operated calcium channel activity / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / actinin binding / TRP channels / clathrin binding / positive regulation of axon extension / regulation of cytosolic calcium ion concentration / calcium channel complex / positive regulation of neuron differentiation / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / neuron differentiation / calcium ion transport / nervous system development / actin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / growth cone / neuron apoptotic process / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Chen, L. / Wei, M. / Yang, Y. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022 タイトル: Structural identification of riluzole-binding site on human TRPC5. 著者: Yaxiong Yang / Miao Wei / Lei Chen / | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wdb.cif.gz | 538 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wdb.ent.gz | 451.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wdb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wdb_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wdb_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7wdb_validation.xml.gz | 80.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wdb_validation.cif.gz | 112 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/7wdb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/7wdb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32436MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 88848.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPC5, TRP5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UL62 |
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-非ポリマー , 7種, 28分子
#2: 化合物 | ChemComp-POV / ( #3: 化合物 | ChemComp-Y01 / #4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 化合物 | ChemComp-657 / #7: 化合物 | ChemComp-PTY / #8: 化合物 | ChemComp-7OC / [ |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human transient receptor potential channel 5 tetramer タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 175028 / 対称性のタイプ: POINT |