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万見
- PDB-7w8j: Dimethylformamidase, 2x(A2B2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w8j
タイトルDimethylformamidase, 2x(A2B2)
要素
  • N,N-dimethylformamidase large subunit
  • N,N-dimethylformamidase small subunit
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Amidohydrolase (アミド加水分解酵素) / mononuclear iron / AB polypeptide / tetramer (四量体)
機能・相同性N,N-dimethylformamidase / N,N-dimethylformamidase activity / N,N-dimethylformamidase beta subunit-like, C-terminal / N,N-dimethylformamidase beta subunit-like, C-terminal / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / : / N,N-dimethylformamidase large subunit / N,N-dimethylformamidase small subunit
機能・相同性情報
生物種Paracoccus sp. SSG05 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Vinothkumar, K.R. / Subramanian, R. / Arya, C. / Ramanathan, G.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR12422/MED/31/287/2014 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dimethylformamidase with a Unique Iron Center
著者: Arya, C. / Ramanathan, G. / Vinothkumar, K.R. / Subramanian, R.
履歴
登録2021年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N,N-dimethylformamidase large subunit
B: N,N-dimethylformamidase small subunit
C: N,N-dimethylformamidase large subunit
D: N,N-dimethylformamidase small subunit
E: N,N-dimethylformamidase large subunit
F: N,N-dimethylformamidase small subunit
G: N,N-dimethylformamidase large subunit
H: N,N-dimethylformamidase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)409,92612
ポリマ－409,7028
非ポリマー2234
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14B
24D
15B
25F
16B
26H
17C
27E
18C
28G
19D
29F
110D
210H
111E
211G
112F
212H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 762
2010C1 - 762
1020A1 - 762
2020E1 - 762
1030A1 - 762
2030G1 - 762
1040B7 - 131
2040D7 - 131
1050B7 - 131
2050F7 - 131
1060B7 - 131
2060H7 - 131
1070C1 - 762
2070E1 - 762
1080C1 - 762
2080G1 - 762
1090D7 - 131
2090F7 - 131
10100D7 - 131
20100H7 - 131
10110E1 - 762
20110G1 - 762
10120F7 - 131
20120H7 - 131

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

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要素

#1: タンパク質
N,N-dimethylformamidase large subunit /


分子量: 86341.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus sp. SSG05 (バクテリア)
遺伝子: dmfase2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I6NT79, N,N-dimethylformamidase
#2: タンパク質
N,N-dimethylformamidase small subunit /


分子量: 16083.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus sp. SSG05 (バクテリア)
遺伝子: dmfase1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I6NWZ0, N,N-dimethylformamidase
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: DMFase, an amidohydrolase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Paracoccus sp. (バクテリア) / 株: SSG05
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 (DE3)
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHepes1
2200 mMSodium Chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Enzyme after gel filtration was used for cryoEM grid prep. Sample was held at 37 degrees before application on the grid.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K / 詳細: wait time - 10 seconds and 3.5 seconds blot

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 130841 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 850 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最低温度: 79 K
撮影平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 28.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 548
詳細: One image was collected per hole. Total of 25 frames was saved and each frame has ~1.13 e/A2
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
2EPU1.1画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.9.5モデルフィッティング
8UCSF Chimera1.15モデルフィッティング
10REFMAC5.8.0267モデル精密化
11RELION3.1初期オイラー角割当
12RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3.1分類
14RELION3.1３次元再構成
画像処理詳細: From the 548 images, MotionCor2 was used for full frame alignment. After CTF estimation, 528 micrographs were selected and used for further extraction. Two rounds of 2D classification of ...詳細: From the 548 images, MotionCor2 was used for full frame alignment. After CTF estimation, 528 micrographs were selected and used for further extraction. Two rounds of 2D classification of extracted particles resulted in 30689 particles and used for refinement.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 114182
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28964 / アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: The final reconstruction was from a single 3D class after B-factor weighting and aberration correction in Relion 3.1
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 73.98 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
詳細: Servalcat was used along with Refmac to calculate fofc maps and extensively used for modelling.
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
16LVB

6lvb

A1
26LVB

6lvb

B1
精密化解像度: 2.5→160.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / SU B: 9.317 / SU ML: 0.197 / ESU R: 0.287
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.30613 --
obs0.30613 318579 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 73.986 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 28678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0030.01329230
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0310.01726052
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.2361.64439714
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.1071.58159910
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.51553576
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg31.44121.3591796
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.68154490
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg11.90815254
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0440.23578
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0040.0233940
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.027352
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it0.0127.9714220
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other0.0127.9714219
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it0.02311.95517770
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other0.02311.95517771
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it0.0047.97115010
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other0.0047.97115011
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other0.0111.95621927
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined0.279119278
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other0.278119186
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A499420.07
12C499420.07
21A499400.07
22E499400.07
31A512440.01
32G512440.01
41B79560.1
42D79560.1
51B79400.11
52F79400.11
61B83340.02
62H83340.02
71C512840.01
72E512840.01
81C499760.07
82G499760.07
91D82960.02
92F82960.02
101D79380.11
102H79380.11
111E499720.07
112G499720.07
121F79540.1
122H79540.1
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.663 23651 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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