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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w88 | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of open form ZmRDR2 at 3.5 Angstroms resolution | ||||||
要素 | RNA-dependent RNA polymerase | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / RDR2 / RdDM / RNA polymerase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transposable element silencing by siRNA-mediated heterochromatin formation / gene silencing by siRNA-directed DNA methylation / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Zea mays (トウモロコシ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Du, X. / Yang, Z. / Du, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Plant Cell / 年: 2022 タイトル: Structure of plant RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE 2, an enzyme involved in small interfering RNA production. 著者: Xuan Du / Zhenlin Yang / Alfredo Jose Florez Ariza / Qian Wang / Guohui Xie / Sisi Li / Jiamu Du / 要旨: In plants, the biogenesis of small interfering RNA (siRNA) requires a family of RNA-dependent RNA polymerases that convert single-stranded RNA (ssRNA) into double-stranded RNA (dsRNA), which is ...In plants, the biogenesis of small interfering RNA (siRNA) requires a family of RNA-dependent RNA polymerases that convert single-stranded RNA (ssRNA) into double-stranded RNA (dsRNA), which is subsequently cleaved into defined lengths by Dicer endonucleases. Here, we determined the structure of maize (Zea mays) RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE 2 (ZmRDR2) in the closed and open conformations. The core catalytic region of ZmRDR2 possesses the canonical DNA-dependent RNA polymerase (DdRP) catalytic sites, pointing to a shared RNA production mechanism between DdRPs and plant RDR-family proteins. Apo-ZmRDR2 adopts a highly compact structure, representing an inactive closed conformation. By contrast, adding RNA induced a significant conformational change in the ZmRDR2 Head domain that opened the RNA binding tunnel, suggesting this is an active elongation conformation of ZmRDR2. Overall, our structural studies trapped both the active and inactive conformations of ZmRDR2, providing insights into the molecular mechanism of dsRNA synthesis during plant siRNA production. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w88.cif.gz | 170.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w88.ent.gz | 135.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w88.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7w88_validation.pdf.gz | 699.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7w88_full_validation.pdf.gz | 719.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7w88_validation.xml.gz | 31.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7w88_validation.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/7w88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/7w88 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 126277.297 Da / 分子数: 1 / 変異: E966A,E967A,E970A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: mop1, 100502460, ZEAMMB73_Zm00001d003378 / プラスミド: pFastHTB 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q19VG2, RNA-directed RNA polymerase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RNA-dependent RNA polymerase 2 in open form / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Zea mays (トウモロコシ) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 177075 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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