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- PDB-7w4p: The structure of KATP H175K mutant in closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w4p
タイトルThe structure of KATP H175K mutant in closed state
要素
  • ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2
  • ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / KATP (ATP感受性カリウムチャネル) / Kir6.2 / SUR1 / NN414 / ADP (アデノシン二リン酸) / ATP (アデノシン三リン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP感受性カリウムチャネル / response to resveratrol / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / glutamate secretion, neurotransmission / ventricular cardiac muscle tissue development / inward rectifying potassium channel / cell body fiber / Regulation of insulin secretion / sulfonylurea receptor activity / CAMKK-AMPK signaling cascade ...ATP感受性カリウムチャネル / response to resveratrol / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / glutamate secretion, neurotransmission / ventricular cardiac muscle tissue development / inward rectifying potassium channel / cell body fiber / Regulation of insulin secretion / sulfonylurea receptor activity / CAMKK-AMPK signaling cascade / ABC-family proteins mediated transport / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / Ion homeostasis / inward rectifier potassium channel activity / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / nervous system process / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / inorganic cation transmembrane transport / neuromuscular process / ankyrin binding / 活動電位 / response to ATP / response to testosterone / potassium ion import across plasma membrane / potassium channel activity / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / potassium ion binding / cellular response to nutrient levels / 介在板 / axolemma / negative regulation of insulin secretion / ABC-type transporter activity / 横行小管 / heat shock protein binding / acrosomal vesicle / response to ischemia / determination of adult lifespan / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of protein localization to plasma membrane / ADP binding / potassium ion transport / 筋鞘 / cellular response to nicotine / glucose metabolic process / presynapse / response to estradiol / 核膜 / presynaptic membrane / cellular response to tumor necrosis factor / transmembrane transporter binding / response to hypoxia / エンドソーム / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / glutamatergic synapse / apoptotic process / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir6.2 / ATP-binding cassette subfamily C member 8 / Sulphonylurea receptor / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / ABC transporter transmembrane region ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir6.2 / ATP-binding cassette subfamily C member 8 / Sulphonylurea receptor / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Immunoglobulin E-set / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-E2H / ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2 / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Mesocricetus auratus (ゴールデンハムスター)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Chen, L. / Wang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91957201 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the mechanism of pancreatic K channel regulation by nucleotides.
著者: Mengmeng Wang / Jing-Xiang Wu / Dian Ding / Lei Chen /
要旨: ATP-sensitive potassium channels (K) are metabolic sensors that convert the intracellular ATP/ADP ratio to the excitability of cells. They are involved in many physiological processes and implicated ...ATP-sensitive potassium channels (K) are metabolic sensors that convert the intracellular ATP/ADP ratio to the excitability of cells. They are involved in many physiological processes and implicated in several human diseases. Here we present the cryo-EM structures of the pancreatic K channel in both the closed state and the pre-open state, resolved in the same sample. We observe the binding of nucleotides at the inhibitory sites of the Kir6.2 channel in the closed but not in the pre-open state. Structural comparisons reveal the mechanism for ATP inhibition and Mg-ADP activation, two fundamental properties of K channels. Moreover, the structures also uncover the activation mechanism of diazoxide-type K openers.
履歴
登録2021年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
B: ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2
C: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
D: ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2
E: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
F: ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2
G: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
H: ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)890,41732
ポリマ－883,6098
非ポリマー6,80824
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11 / Inward rectifier K(+) channel Kir6.2 / Potassium channel / inwardly rectifying subfamily J member 11


分子量: 43606.770 Da / 分子数: 4 / 変異: H175K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kcnj11 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q61743
#2: タンパク質
ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2 / SUR1


分子量: 177295.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mesocricetus auratus (ゴールデンハムスター)
遺伝子: Abcc8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1U7R319

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非ポリマー , 4種, 24分子

#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-E2H / 6-chloranyl-~{N}-(1-methylcyclopropyl)-1,1-bis(oxidanylidene)-4~{H}-thieno[3,2-e][1,2,4]thiadiazin-3-amine


分子量: 291.778 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10ClN3O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Kir6.2 H175K mutant in complex with SUR1COMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2Kir6.2 H175K mutantCOMPLEX#11RECOMBINANT
3SUR1ABCC8COMPLEX#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Mus musculus (ハツカネズミ)10090
32Mesocricetus auratus (ゴールデンハムスター)10036
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 216000
詳細: This is a composite map. Resolutions for each individual map are "3.16/3.19/2.72" respectively
対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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