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万見
- PDB-7vsr: Structure of McrBC (stalkless mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vsr
タイトルStructure of McrBC (stalkless mutant)
要素
  • 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
  • Protein McrC
キーワードDNA BINDING PROTEIN / AAA+ protein / GTPase / endonuclease / McrBC / stalkless mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


type IV site-specific deoxyribonuclease activity / restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / DNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / endonuclease activity / GTPase activity ...type IV site-specific deoxyribonuclease activity / restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / DNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / endonuclease activity / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
5-methylcytosine restriction system component, bacterial / Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrBC / McrBC 5-methylcytosine restriction system component / Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit, DNA-binding domain / MrcB-like, N-terminal domain / : / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit / Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrBC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Saikrishnan, K. / Adhav, V.A. / Bose, S. / Kutti R, V.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of McrBC (stalkless mutant)
著者: Saikrishnan, K. / Adhav, V.A. / Bose, S. / Kutti R, V.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure-based mechanism for activation of the AAA+ GTPase McrB by the endonuclease McrC.
著者: Nirwan, N. / Itoh, Y. / Singh, P. / Bandyopadhyay, S. / Vinothkumar, K.R. / Amunts, A. / Saikrishnan, K.
履歴
登録2021年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
B: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
C: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
D: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
E: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
F: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
G: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
H: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
I: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
J: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
K: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
L: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
M: Protein McrC
N: Protein McrC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)726,99126
ポリマ－723,71214
非ポリマー3,27912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
5-methylcytosine-specific restriction enzyme B / EcoKMcrBC


分子量: 54272.113 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: mcrB, rglB, b4346, JW5871 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI
参照: UniProt: P15005, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 Protein McrC


分子量: 36223.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues from 60 to 99 in database P15006 are replaced by GG
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: mcrC, b4345, JW5789 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI, Ai / 参照: UniProt: P15006
#3: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: McrBC (stalkless mutant) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.72 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTris-ClTris-Cl1
250 mMPotassium chlorideKCL1
35 mMMagnesium chlorideMgCl21
41 mMDithiothreitolDTT1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The McrBC complex was incubated with 2.5mM of GMP-PNP in the presence of 10mM Tris-Cl pH 8.0, 50mM KCl, 5mM MgCl2, 1mM DTT
試料支持詳細: The grid was floated with carbon before glow discharge
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K
詳細: The sample was blot for 3.0 sec before plunging into liquid ethane

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 27.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2071
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3.1粒子像選択Autopick
2EPU2.11画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
19PHENIX1.19.2_4158-000モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 131363
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60954 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6HZ4

6hz4


Accession code: 6HZ4 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00434186
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.67146208
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.48413002
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0414898
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0055986

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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