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- PDB-7vea: Pentacylindrical allophycocyanin core from Thermosynechococcus vu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vea
タイトルPentacylindrical allophycocyanin core from Thermosynechococcus vulcanus
要素
  • (Allophycocyanin ...) x 2
  • (Phycobilisome ...) x 2
  • Phycobiliprotein ApcE
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Light-harvesting complex / Phycobilisome / Energy transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


: / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. ...Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / Allophycocyanin alpha chain / Allophycocyanin beta chain / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / Phycobiliprotein ApcE / Phycobilisome core component
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Kawakami, K. / Hamaguchi, T. / Hirose, Y. / Kosumi, D. / Miyata, M. / Kamiya, N. / Yonekura, K.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05109 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K06528 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17H06434 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Core and rod structures of a thermophilic cyanobacterial light-harvesting phycobilisome.
著者: Keisuke Kawakami / Tasuku Hamaguchi / Yuu Hirose / Daisuke Kosumi / Makoto Miyata / Nobuo Kamiya / Koji Yonekura /
要旨: Cyanobacteria, glaucophytes, and rhodophytes utilize giant, light-harvesting phycobilisomes (PBSs) for capturing solar energy and conveying it to photosynthetic reaction centers. PBSs are ...Cyanobacteria, glaucophytes, and rhodophytes utilize giant, light-harvesting phycobilisomes (PBSs) for capturing solar energy and conveying it to photosynthetic reaction centers. PBSs are compositionally and structurally diverse, and exceedingly complex, all of which pose a challenge for a comprehensive understanding of their function. To date, three detailed architectures of PBSs by cryo-electron microscopy (cryo-EM) have been described: a hemiellipsoidal type, a block-type from rhodophytes, and a cyanobacterial hemidiscoidal-type. Here, we report cryo-EM structures of a pentacylindrical allophycocyanin core and phycocyanin-containing rod of a thermophilic cyanobacterial hemidiscoidal PBS. The structures define the spatial arrangement of protein subunits and chromophores, crucial for deciphering the energy transfer mechanism. They reveal how the pentacylindrical core is formed, identify key interactions between linker proteins and the bilin chromophores, and indicate pathways for unidirectional energy transfer.
履歴
登録2021年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
aA: Allophycocyanin alpha chain
aB: Allophycocyanin beta chain
aC: Allophycocyanin alpha chain
aD: Allophycocyanin beta chain
aE: Allophycocyanin alpha chain
aF: Allophycocyanin beta chain
aG: Allophycocyanin alpha chain
aH: Allophycocyanin beta chain
aI: Allophycocyanin alpha chain
aJ: Allophycocyanin beta chain
aK: Allophycocyanin alpha chain
aL: Allophycocyanin beta chain
aM: Phycobiliprotein ApcE
aN: Allophycocyanin beta chain
aO: Allophycocyanin alpha chain
aP: Allophycocyanin beta chain
aQ: Allophycocyanin alpha chain
aR: Phycobilisome core component
aS: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
bM: Allophycocyanin alpha chain
bN: Allophycocyanin beta chain
bO: Allophycocyanin alpha chain
bP: Allophycocyanin beta chain
bQ: Allophycocyanin alpha chain
bR: Allophycocyanin beta chain
bS: Allophycocyanin alpha chain
bT: Allophycocyanin beta chain
bU: Allophycocyanin alpha chain
bV: Allophycocyanin beta chain
bW: Allophycocyanin alpha chain
bX: Allophycocyanin beta chain
bY: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
cA: Allophycocyanin alpha chain
cB: Allophycocyanin beta chain
cC: Allophycocyanin alpha chain
cD: Allophycocyanin beta chain
cE: Allophycocyanin alpha chain
cF: Allophycocyanin beta chain
cG: Allophycocyanin alpha chain
cH: Allophycocyanin beta chain
cI: Allophycocyanin alpha chain
cJ: Allophycocyanin beta chain
cK: Allophycocyanin alpha chain
cL: Allophycocyanin beta chain
cM: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
dA: Allophycocyanin alpha chain
dB: Allophycocyanin beta chain
dC: Allophycocyanin alpha chain
dD: Allophycocyanin beta chain
dE: Allophycocyanin alpha chain
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dI: Allophycocyanin alpha chain
dJ: Allophycocyanin beta chain
dK: Allophycocyanin alpha chain
dL: Allophycocyanin beta chain
dM: Phycobiliprotein ApcE
dN: Allophycocyanin beta chain
dO: Allophycocyanin alpha chain
dP: Allophycocyanin beta chain
dQ: Allophycocyanin alpha chain
dR: Phycobilisome core component
dS: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
eM: Allophycocyanin alpha chain
eN: Allophycocyanin beta chain
eO: Allophycocyanin alpha chain
eP: Allophycocyanin beta chain
eQ: Allophycocyanin alpha chain
eR: Allophycocyanin beta chain
eS: Allophycocyanin alpha chain
eT: Allophycocyanin beta chain
eU: Allophycocyanin alpha chain
eV: Allophycocyanin beta chain
eW: Allophycocyanin alpha chain
eX: Allophycocyanin beta chain
eY: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
fA: Allophycocyanin alpha chain
fB: Allophycocyanin beta chain
fC: Allophycocyanin alpha chain
fD: Allophycocyanin beta chain
fE: Allophycocyanin alpha chain
fF: Allophycocyanin beta chain
fG: Allophycocyanin alpha chain
fH: Allophycocyanin beta chain
fI: Allophycocyanin alpha chain
fJ: Allophycocyanin beta chain
fK: Allophycocyanin alpha chain
fL: Allophycocyanin beta chain
fM: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,787,560174
ポリマ－1,738,11090
非ポリマー49,45084
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Allophycocyanin ... , 2種, 80分子 aAaCaEaGaIaKaOaQbMbObQbSbUbWcAcCcEcGcIcKdAdCdEdGdIdKdOdQeMeO...

#1: タンパク質 ...
Allophycocyanin alpha chain


分子量: 17555.926 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50030
#2: タンパク質 ...
Allophycocyanin beta chain


分子量: 17388.877 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50031

-
Phycobilisome ... , 2種, 8分子 aRdRaSbYcMdSeYfM

#4: タンパク質 Phycobilisome core component


分子量: 18757.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHC5
#5: タンパク質
Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / LC 7.8


分子量: 7876.255 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50036

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 86分子 aMdM

#3: タンパク質 Phycobiliprotein ApcE


分子量: 127772.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DGF2
#6: 化合物...
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Phycobilisome core complex from Thermosynechococcus vulcanus
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus NIES-2134 (バクテリア)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 150 µm
撮影電子線照射量: 84.1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20rc1_4387精密化
PHENIX1.20rc1_4387精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7UCSF Chimera1.13モデルフィッティング
9PHENIX1.18.2モデル精密化
13RELION3.1.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25532 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 144.5 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0033113126
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6453154326
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04417996
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003720222
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.234537840

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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