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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vdt | ||||||
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タイトル | The motor-nucleosome module of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of glucose mediated signaling pathway / bBAF complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / npBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / nBAF complex / Tat protein binding / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / neural retina development ...positive regulation of glucose mediated signaling pathway / bBAF complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / npBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / nBAF complex / Tat protein binding / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / neural retina development / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / positive regulation by host of viral transcription / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / nucleosome disassembly / positive regulation of double-strand break repair / ATP-dependent chromatin remodeler activity / positive regulation of T cell differentiation / nuclear androgen receptor binding / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of myoblast differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / Chromatin modifying enzymes / DNA polymerase binding / Interleukin-7 signaling / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / transcription coregulator binding / helicase activity / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of cell growth / fibrillar center / kinetochore / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of miRNA transcription / nuclear matrix / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / nucleosome / positive regulation of cold-induced thermogenesis / p53 binding / nucleosome assembly / nervous system development / histone binding / transcription coactivator activity / hydrolase activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Z.C. / Chen, K.J. / Yuan, J.J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Structure of human chromatin-remodelling PBAF complex bound to a nucleosome. 著者: Junjie Yuan / Kangjing Chen / Wenbo Zhang / Zhucheng Chen / 要旨: DNA wraps around the histone octamer to form nucleosomes, the repeating unit of chromatin, which create barriers for accessing genetic information. Snf2-like chromatin remodellers couple the energy ...DNA wraps around the histone octamer to form nucleosomes, the repeating unit of chromatin, which create barriers for accessing genetic information. Snf2-like chromatin remodellers couple the energy of ATP binding and hydrolysis to reposition and recompose the nucleosome, and have vital roles in various chromatin-based transactions. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the 12-subunit human chromatin-remodelling polybromo-associated BRG1-associated factor (PBAF) complex bound to the nucleosome. The motor subunit SMARCA4 engages the nucleosome in the active conformation, which reveals clustering of multiple disease-associated mutations at the interfaces that are essential for chromatin-remodelling activity. SMARCA4 recognizes the H2A-H2B acidic pocket of the nucleosome through three arginine anchors of the Snf2 ATP coupling (SnAc) domain. PBAF shows notable functional modularity, and most of the auxiliary subunits are interwoven into three lobe-like submodules for nucleosome recognition. The PBAF-specific auxiliary subunit ARID2 acts as the structural core for assembly of the DNA-binding lobe, whereas PBRM1, PHF10 and BRD7 are collectively incorporated into the lobe for histone tail binding. Together, our findings provide mechanistic insights into nucleosome recognition by PBAF and a structural basis for understanding SMARCA4-related human diseases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vdt.cif.gz | 407 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vdt.ent.gz | 309.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vdt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vdt_validation.pdf.gz | 846.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vdt_full_validation.pdf.gz | 873 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7vdt_validation.xml.gz | 47.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vdt_validation.cif.gz | 74.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/7vdt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/7vdt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31925MC 7vdvC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 9分子 ABFCGDHEK
#1: タンパク質 | 分子量: 169597.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA4, BAF190A, BRG1, SNF2B, SNF2L4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P51532, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799 #3: タンパク質 | 分子量: 14109.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591, XELAEV_18003602mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8 #4: タンパク質 | 分子量: 13965.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281 #5: タンパク質 | 分子量: 15435.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: XELAEV_18002543mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A310TTQ1 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#6: DNA鎖 | 分子量: 63679.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 64145.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 3分子
#8: 化合物 | ChemComp-BEF / |
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#9: 化合物 | ChemComp-MG / |
#10: 化合物 | ChemComp-ADP / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The motor-nucleosome module of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208905 / 対称性のタイプ: POINT |