[日本語] English
万見
- PDB-7vdv: The overall structure of human chromatin remodeling PBAF-nucleoso... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vdv
タイトルThe overall structure of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex
要素
  • (DNA (207-MER)) x 2
  • (Isoform 2 of ...) x 2
  • (SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily ...) x 3
  • (unknown) x 2
  • AT-rich interactive domain-containing protein 2,AT-rich interactive domain-containing protein 2
  • Actin, cytoplasmic 1
  • Actin-like protein 6A
  • Histone H2A
  • Histone H2B 1.1
  • Histone H3
  • Histone H4
  • PHD finger protein 10
  • Protein polybromo-1
  • SWI/SNF complex subunit SMARCC2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / histone H3K14ac reader activity / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of norepinephrine uptake / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / cellular response to cytochalasin B / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / bBAF complex ...single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / histone H3K14ac reader activity / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of norepinephrine uptake / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / cellular response to cytochalasin B / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / bBAF complex / npBAF complex / regulation of transepithelial transport / nBAF complex / brahma complex / morphogenesis of a polarized epithelium / blastocyst hatching / neural retina development / protein localization to adherens junction / postsynaptic actin cytoskeleton / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / N-acetyltransferase activity / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / GBAF complex / Formation of annular gap junctions / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / coronary artery morphogenesis / Tat protein binding / nucleosome array spacer activity / Gap junction degradation / regulation of G0 to G1 transition / Folding of actin by CCT/TriC / Cell-extracellular matrix interactions / dense body / hepatocyte differentiation / XY body / Ino80 complex / regulation of nucleotide-excision repair / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / ATP-dependent chromatin remodeler activity / RSC-type complex / apical protein localization / regulation of double-strand break repair / blastocyst formation / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / adherens junction assembly / RHOF GTPase cycle / Adherens junctions interactions / positive regulation by host of viral transcription / tight junction / nucleosome disassembly / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / germ cell nucleus / Interaction between L1 and Ankyrins / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / positive regulation of T cell differentiation / cardiac muscle cell proliferation / cellular response to fatty acid / regulation of norepinephrine uptake / transporter regulator activity / apical junction complex / nuclear androgen receptor binding / nitric-oxide synthase binding / positive regulation of double-strand break repair / nuclear chromosome / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / spinal cord development / homeostatic process / maintenance of blood-brain barrier / regulation of chromosome organization / NuA4 histone acetyltransferase complex / establishment or maintenance of cell polarity / cortical cytoskeleton / histone acetyltransferase activity / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of stem cell population maintenance / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / Recycling pathway of L1 / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of DNA replication / brush border / regulation of embryonic development / kinesin binding / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of Wnt signaling pathway / ATP-dependent activity, acting on DNA / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / embryonic organ development / positive regulation of myoblast differentiation / RHO GTPases activate IQGAPs / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of DNA repair / regulation of protein localization to plasma membrane / heart morphogenesis / Chromatin modifying enzymes / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / DNA polymerase binding
類似検索 - 分子機能
PHD finger protein 10 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 / RFX DNA-binding domain / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains / SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / : / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal ...PHD finger protein 10 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 / RFX DNA-binding domain / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains / SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / : / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal / MarR-like, BRCT and chromo domains module profile. / : / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / : / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / SWI/SNF complex subunit BRG1 / RFX-type winged-helix DNA-binding domain profile. / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / Protein polybromo-1, Bromodomain 5 / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / : / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / domain in helicases and associated with SANT domains / HSA domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / HMG (high mobility group) box / SANT domain profile. / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / SANT domain / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Myb-like DNA-binding domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / BRCT domain superfamily / PHD-finger / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger PHD-type profile. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H3 / Actin-like protein 6A / Histone H2B 1.1 / Transcription activator BRG1 / Actin, cytoplasmic 1 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H3 / Actin-like protein 6A / Histone H2B 1.1 / Transcription activator BRG1 / Actin, cytoplasmic 1 / Histone H4 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / AT-rich interactive domain-containing protein 2 / Histone H2A / Protein polybromo-1 / SWI/SNF complex subunit SMARCC2 / PHD finger protein 10 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 / Bromodomain-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chen, Z.C. / Chen, K.J. / Yuan, J.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of human chromatin-remodelling PBAF complex bound to a nucleosome.
著者: Junjie Yuan / Kangjing Chen / Wenbo Zhang / Zhucheng Chen /
要旨: DNA wraps around the histone octamer to form nucleosomes, the repeating unit of chromatin, which create barriers for accessing genetic information. Snf2-like chromatin remodellers couple the energy ...DNA wraps around the histone octamer to form nucleosomes, the repeating unit of chromatin, which create barriers for accessing genetic information. Snf2-like chromatin remodellers couple the energy of ATP binding and hydrolysis to reposition and recompose the nucleosome, and have vital roles in various chromatin-based transactions. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the 12-subunit human chromatin-remodelling polybromo-associated BRG1-associated factor (PBAF) complex bound to the nucleosome. The motor subunit SMARCA4 engages the nucleosome in the active conformation, which reveals clustering of multiple disease-associated mutations at the interfaces that are essential for chromatin-remodelling activity. SMARCA4 recognizes the H2A-H2B acidic pocket of the nucleosome through three arginine anchors of the Snf2 ATP coupling (SnAc) domain. PBAF shows notable functional modularity, and most of the auxiliary subunits are interwoven into three lobe-like submodules for nucleosome recognition. The PBAF-specific auxiliary subunit ARID2 acts as the structural core for assembly of the DNA-binding lobe, whereas PBRM1, PHF10 and BRD7 are collectively incorporated into the lobe for histone tail binding. Together, our findings provide mechanistic insights into nucleosome recognition by PBAF and a structural basis for understanding SMARCA4-related human diseases.
履歴
登録2021年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B 1.1
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B 1.1
I: DNA (207-MER)
J: DNA (207-MER)
A: Isoform 2 of Transcription activator BRG1
N: Actin-like protein 6A
P: Actin, cytoplasmic 1
Q: AT-rich interactive domain-containing protein 2,AT-rich interactive domain-containing protein 2
R: PHD finger protein 10
T: Isoform 2 of Bromodomain-containing protein 7
U: unknown
V: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
W: SWI/SNF complex subunit SMARCC2
X: SWI/SNF complex subunit SMARCC2
Y: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1
Z: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1
a: Protein polybromo-1
K: Histone H3
M: unknown
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,263,11827
ポリマ－1,262,60024
非ポリマー5183
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 10種, 15分子 BFCGDHEKNPQRWXa

#1: タンパク質 Histone H4


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799
#2: タンパク質 Histone H2A


分子量: 14109.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: hist1h2aj, LOC494591, XELAEV_18003602mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8
#3: タンパク質 Histone H2B 1.1 / H2B1.1


分子量: 13965.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281
#4: タンパク質 Histone H3


分子量: 15435.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: XELAEV_18002543mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A310TTQ1
#8: タンパク質 Actin-like protein 6A / 53 kDa BRG1-associated factor A / Actin-related protein Baf53a / ArpNbeta / BRG1-associated factor ...53 kDa BRG1-associated factor A / Actin-related protein Baf53a / ArpNbeta / BRG1-associated factor 53A / BAF53A / INO80 complex subunit K


分子量: 47509.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARP4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O96019
#9: タンパク質 Actin, cytoplasmic 1 / Beta-actin


分子量: 41782.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60709
#10: タンパク質 AT-rich interactive domain-containing protein 2,AT-rich interactive domain-containing protein 2 / ARID domain-containing protein 2 / BRG1-associated factor 200 / BAF200 / Zinc finger protein with ...ARID domain-containing protein 2 / BRG1-associated factor 200 / BAF200 / Zinc finger protein with activation potential / Zipzap/p200


分子量: 97547.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARID2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q68CP9
#11: タンパク質 PHD finger protein 10 / BRG1-associated factor 45a / BAF45a / XAP135


分子量: 58254.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF10 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WUB8
#15: タンパク質 SWI/SNF complex subunit SMARCC2 / BRG1-associated factor 170 / BAF170


分子量: 133048.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAQ2
#18: タンパク質 Protein polybromo-1 / hPB1 / BRG1-associated factor 180 / BAF180 / Polybromo-1D


分子量: 116762.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PBRM1, BAF180, PB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86U86

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA (207-MER)


分子量: 63679.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (207-MER)


分子量: 64145.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
Isoform 2 of ... , 2種, 2分子 AT

#7: タンパク質 Isoform 2 of Transcription activator BRG1 / ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A / Mitotic growth and ...ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A / Mitotic growth and transcription activator / Protein BRG-1 / Protein brahma homolog 1 / SNF2-beta / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4


分子量: 169597.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P51532, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#12: タンパク質 Isoform 2 of Bromodomain-containing protein 7 / 75 kDa bromodomain protein / Protein CELTIX-1


分子量: 74385.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPI1

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 UM

#13: タンパク質・ペプチド unknown


分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#19: タンパク質・ペプチド unknown


分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily ... , 3種, 3分子 VYZ

#14: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1


分子量: 44199.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12824
#16: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 / 60 kDa BRG-1/Brm-associated factor subunit A / BRG1-associated factor 60A / BAF60A / SWI/SNF ...60 kDa BRG-1/Brm-associated factor subunit A / BRG1-associated factor 60A / BAF60A / SWI/SNF complex 60 kDa subunit


分子量: 60127.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCD1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96GM5
#17: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1


分子量: 46710.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCE1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969G3

-
非ポリマー , 3種, 3分子

#20: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#21: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: The motor-nucleosome module of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#19 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137659 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る