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万見
- PDB-7vae: Cryo-EM structure of bovine NTCP complexed with YN69202Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vae
タイトルCryo-EM structure of bovine NTCP complexed with YN69202Fab
要素
  • Fab heavy chain from antibody IgG clone number YN69202
  • Fab light chain from antibody IgG clone number YN69202
  • Solute carrier family 10 (Sodium/bile acid cotransporter family), member 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Hepatitis B virus (HBV) / host entry receptor / bile acid transporter / taurocholate / Na+-coupled symporter
機能・相同性
機能・相同性情報


Recycling of bile acids and salts / bile acid:sodium symporter activity / bile acid and bile salt transport / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Solute carrier family 10 member 1 / Bile acid:sodium symporter/arsenical resistance protein Acr3 / Bile acid:sodium symporter / Sodium Bile acid symporter family / Sodium/solute symporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 10 (Sodium/bile acid cotransporter family), member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Asami, J. / Shimizu, T. / Ohto, U.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19H03164 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19H00976 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of the bile acid transporter and HBV receptor NTCP.
著者: Jinta Asami / Kanako Terakado Kimura / Yoko Fujita-Fujiharu / Hanako Ishida / Zhikuan Zhang / Yayoi Nomura / Kehong Liu / Tomoko Uemura / Yumi Sato / Masatsugu Ono / Masaki Yamamoto / Takeshi ...著者: Jinta Asami / Kanako Terakado Kimura / Yoko Fujita-Fujiharu / Hanako Ishida / Zhikuan Zhang / Yayoi Nomura / Kehong Liu / Tomoko Uemura / Yumi Sato / Masatsugu Ono / Masaki Yamamoto / Takeshi Noda / Hideki Shigematsu / David Drew / So Iwata / Toshiyuki Shimizu / Norimichi Nomura / Umeharu Ohto /
要旨: Chronic infection with hepatitis B virus (HBV) affects more than 290 million people worldwide, is a major cause of cirrhosis and hepatocellular carcinoma, and results in an estimated 820,000 deaths ...Chronic infection with hepatitis B virus (HBV) affects more than 290 million people worldwide, is a major cause of cirrhosis and hepatocellular carcinoma, and results in an estimated 820,000 deaths annually. For HBV infection to be established, a molecular interaction is required between the large glycoproteins of the virus envelope (known as LHBs) and the host entry receptor sodium taurocholate co-transporting polypeptide (NTCP), a sodium-dependent bile acid transporter from the blood to hepatocytes. However, the molecular basis for the virus-transporter interaction is poorly understood. Here we report the cryo-electron microscopy structures of human, bovine and rat NTCPs in the apo state, which reveal the presence of a tunnel across the membrane and a possible transport route for the substrate. Moreover, the cryo-electron microscopy structure of human NTCP in the presence of the myristoylated preS1 domain of LHBs, together with mutation and transport assays, suggest a binding mode in which preS1 and the substrate compete for the extracellular opening of the tunnel in NTCP. Our preS1 domain interaction analysis enables a mechanistic interpretation of naturally occurring HBV-insusceptible mutations in human NTCP. Together, our findings provide a structural framework for HBV recognition and a mechanistic understanding of sodium-dependent bile acid translocation by mammalian NTCPs.
履歴
登録2021年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute carrier family 10 (Sodium/bile acid cotransporter family), member 1
H: Fab heavy chain from antibody IgG clone number YN69202
L: Fab light chain from antibody IgG clone number YN69202


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0043
ポリマ－89,0043
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area5070 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area35760 Å2

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要素

#1: タンパク質 Solute carrier family 10 (Sodium/bile acid cotransporter family), member 1 / Solute carrier family 10 member 1


分子量: 38105.398 Da / 分子数: 1 / 変異: Q261A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: SLC10A1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q2KJ85
#2: 抗体 Fab heavy chain from antibody IgG clone number YN69202


分子量: 26574.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 抗体 Fab light chain from antibody IgG clone number YN69202


分子量: 24323.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of NTCP and FabCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2NTCPCOMPLEX#11RECOMBINANT
3FabCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
22Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
21Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108ExpiSf9
32Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7.5
詳細: 25 mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 0.15 M NaCl, and 0.01% GDN
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 61 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 65717 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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