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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v7c | ||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex | ||||||||||||||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA BINDING PROTEIN/VIRAL PROTEIN / E3 ligase / HIV accessory protein / restriction factors / LIGASE / TRANSFERASE-DNA BINDING PROTEIN-VIRAL PROTEIN complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() : / histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / V(D)J recombination ...: / histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / V(D)J recombination / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / isotype switching / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / uracil DNA N-glycosylase activity / biological process involved in interaction with symbiont / WD40-repeat domain binding / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cullin family protein binding / ribosomal small subunit binding / viral release from host cell / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ectopic germ cell programmed cell death / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of viral genome replication / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / monoatomic ion transport / positive regulation of gluconeogenesis / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / B cell differentiation / post-translational protein modification / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / virion component / nuclear estrogen receptor binding / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / base-excision repair / protein homooligomerization / regulation of circadian rhythm / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / fibrillar center / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / viral penetration into host nucleus / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / site of double-strand break / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / host extracellular space / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein ubiquitination / symbiont entry into host cell / cell cycle / phosphorylation / DNA repair / protein serine kinase activity / DNA-templated transcription / apoptotic process / DNA damage response / host cell nucleus / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Wang, D. / Xu, J. / Liu, Q. / Xiang, Y. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the HIV-1 Vpr mediated ubiquitination through the Cullin-RING E3 ubiquitin ligase 著者: Wang, D. / Xu, J. / Liu, Q. / Xiang, Y. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 882.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 720.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 781.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 819.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 124.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 190.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 31766MC ![]() 7v7bC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 169194.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase #2: タンパク質 | 分子量: 127097.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 11396.878 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: vpr / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 25136.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.66 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145568 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |