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- PDB-7v6c: Structure of the Dicer-2-R2D2 heterodimer bound to small RNA duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v6c
タイトルStructure of the Dicer-2-R2D2 heterodimer bound to small RNA duplex
要素
  • Dicer-2, isoform A
  • R2D2
  • RNA (5'-R(*AP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*CP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*C)-3')
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*GP*G)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Ribonuclease / Double-stranded RNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


follicle cell of egg chamber stalk formation / lncRNA catabolic process / : / positive regulation of Toll signaling pathway / regulatory ncRNA processing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / PKR-mediated signaling / regulation of regulatory ncRNA processing / dsRNA transport ...follicle cell of egg chamber stalk formation / lncRNA catabolic process / : / positive regulation of Toll signaling pathway / regulatory ncRNA processing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / PKR-mediated signaling / regulation of regulatory ncRNA processing / dsRNA transport / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / global gene silencing by mRNA cleavage / ribonuclease III / apoptotic DNA fragmentation / RISC-loading complex / deoxyribonuclease I activity / detection of virus / RISC complex assembly / ribonuclease III activity / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / siRNA processing / positive regulation of innate immune response / RISC complex / positive regulation of defense response to virus by host / heterochromatin formation / helicase activity / locomotory behavior / mRNA 3'-UTR binding / cellular response to virus / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / double-stranded RNA binding / defense response to virus / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain ...: / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Endoribonuclease Dcr-2 / LD06392p
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yamaguchi, S. / Nishizawa, T. / Kusakizako, T. / Yamashita, K. / Tomita, A. / Hirano, H. / Nishimasu, H. / Nureki, O.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)202111067 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of the Dicer-2-R2D2 heterodimer bound to a small RNA duplex.
著者: Sonomi Yamaguchi / Masahiro Naganuma / Tomohiro Nishizawa / Tsukasa Kusakizako / Yukihide Tomari / Hiroshi Nishimasu / Osamu Nureki /
要旨: In flies, Argonaute2 (Ago2) and small interfering RNA (siRNA) form an RNA-induced silencing complex to repress viral transcripts. The RNase III enzyme Dicer-2 associates with its partner protein R2D2 ...In flies, Argonaute2 (Ago2) and small interfering RNA (siRNA) form an RNA-induced silencing complex to repress viral transcripts. The RNase III enzyme Dicer-2 associates with its partner protein R2D2 and cleaves long double-stranded RNAs to produce 21-nucleotide siRNA duplexes, which are then loaded into Ago2 in a defined orientation. Here we report cryo-electron microscopy structures of the Dicer-2-R2D2 and Dicer-2-R2D2-siRNA complexes. R2D2 interacts with the helicase domain and the central linker of Dicer-2 to inhibit the promiscuous processing of microRNA precursors by Dicer-2. Notably, our structure represents the strand-selection state in the siRNA-loading process, and reveals that R2D2 asymmetrically recognizes the end of the siRNA duplex with the higher base-pairing stability, and the other end is exposed to the solvent and is accessible by Ago2. Our findings explain how R2D2 senses the thermodynamic asymmetry of the siRNA and facilitates the siRNA loading into Ago2 in a defined orientation, thereby determining which strand of the siRNA duplex is used by Ago2 as the guide strand for target silencing.
履歴
登録2021年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.22022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dicer-2, isoform A
B: R2D2
E: RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*GP*G)-3')
F: RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3')
C: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*G)-3')
D: RNA (5'-R(*CP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,5186
ポリマ－266,5186
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area10700 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area86660 Å2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dicer-2, isoform A / FI15132p1


分子量: 199309.000 Da / 分子数: 1 / 変異: M208L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Dcr-2, cg6493, Dcr, dcr, DCR-2, dcr-2, Dcr-2-RA, DCR2, Dcr2, dcr2, dDcr2, dic2, DICER, Dicer, dicer, DICER-2, dicer-2, Dicer2, dicer2, dmDcr-2, Dmel\CG6493, CG6493, Dmel_CG6493
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A1ZAW0, deoxyribonuclease I, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ, ribonuclease III, EC: 3.6.1.3
#2: タンパク質 R2D2 / R2D2 / R2d2 / isoform A / isoform B / isoform C


分子量: 39920.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: r2d2, cg7138, Dmel\CG7138, R2D2, R2d2, CG7138, Dmel_CG7138
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9VLW8

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RNA鎖 , 4種, 4分子 EFCD

#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*GP*G)-3')


分子量: 6812.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3')


分子量: 6514.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#5: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*G)-3')


分子量: 7141.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#6: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*C)-3')


分子量: 6820.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dicer-2-R2D2-siRNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 48 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 144979 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.3→165.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / SU B: 16.404 / SU ML: 0.268 / ESU R: 0.423
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.32422 --
obs0.32422 162512 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 101.99 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 15643
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.01316120
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0310.01714799
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.1851.62121966
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.4491.61834131
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg4.4065.6792039
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg27.10522.475792
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg15.25152678
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg9.2591592
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0870.2032164
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0050.0217132
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.023686
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it7.1559.7387183
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other7.1559.7387182
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it11.85114.6088949
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other11.8514.6098950
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it8.57512.1228937
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other8.57512.128936
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other14.71517.83213017
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined26.30768198
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other26.30768199
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork-11984 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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