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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v4k | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Camellia sinensis glutamine synthetase CsGSIb inactive Pentamer State II | ||||||
要素 | Glutamine synthetase | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / supramolecular enzyme / glutamine synthetase / Camellia sinensis / PLANT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamine synthetase / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Camellia sinensis (チャ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 | ||||||
データ登録者 | Xu, W. / Chen, Y. / Xing, Q. / Huang, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Assembly status transition offers an avenue for activity modulation of a supramolecular enzyme. 著者: Yao Chen / Weiya Xu / Shuwei Yu / Kang Ni / Guangbiao She / Xiaodong Ye / Qiong Xing / Jian Zhao / Chengdong Huang / 要旨: Nature has evolved many supramolecular proteins assembled in certain, sometimes even seemingly oversophisticated, morphological manners. The rationale behind such evolutionary efforts is often poorly ...Nature has evolved many supramolecular proteins assembled in certain, sometimes even seemingly oversophisticated, morphological manners. The rationale behind such evolutionary efforts is often poorly understood. Here, we provide atomic-resolution insights into how the dynamic building of a structurally complex enzyme with higher order symmetry offers amenability to intricate regulation. We have established the functional coupling between enzymatic activity and protein morphological states of glutamine synthetase (GS), an old multi-subunit enzyme essential for cellular nitrogen metabolism. Cryo-EM structure determination of GS in both the catalytically active and inactive assembly states allows us to reveal an unanticipated self-assembly-induced disorder-order transition paradigm, in which the remote interactions between two subcomplex entities significantly rigidify the otherwise structurally fluctuating active sites, thereby regulating activity. We further show in vivo evidences that how the enzyme morphology transitions could be modulated by cellular factors on demand. Collectively, our data present an example of how assembly status transition offers an avenue for activity modulation, and sharpens our mechanistic understanding of the complex functional and regulatory properties of supramolecular enzymes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v4k.cif.gz | 214.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7v4k.ent.gz | 171.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7v4k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7v4k_validation.pdf.gz | 391.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7v4k_full_validation.pdf.gz | 414.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7v4k_validation.xml.gz | 28.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7v4k_validation.cif.gz | 46.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/7v4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/7v4k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31714MC 7v4hC 7v4iC 7v4jC 7v4lC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39289.180 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camellia sinensis (チャ) / 遺伝子: CsGS1;3, GS1.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q762D2, glutamine synthetase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CsGS1b / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Camellia sinensis (チャ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 粒子像の数: 96758 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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