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- PDB-7v05: Complex of Plasmodium falciparum circumsporozoite protein with 850 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v05
タイトルComplex of Plasmodium falciparum circumsporozoite protein with 850 Fab
要素
  • 850 Fab Heavy Chain
  • 850 Fab Light Chain
  • Circumsporozoite protein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM/CELL INVASION / antibody / malaria / Plasmodium falciparum / circumsporozoite protein / IMMUNE SYSTEM-CELL INVASION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / symbiont entry into host / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / heparan sulfate proteoglycan binding / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Kucharska, I. / Prieto, K. / Rubinstein, J.L. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 米国, 6件
組織認可番号国
Ontario Early Researcher Awards カナダ
Canada Foundation for Innovation カナダ
Ontario Research Fund カナダ
Canada Research Chairs カナダ
Bill & Melinda Gates FoundationINV-008866 米国
CIFAR Azrieli Global Scholars カナダ
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2022
タイトル: High-density binding to Plasmodium falciparum circumsporozoite protein repeats by inhibitory antibody elicited in mouse with human immunoglobulin repertoire.
著者: Iga Kucharska / Špela Binter / Rajagopal Murugan / Stephen W Scally / Julia Ludwig / Katherine Prieto / Elaine Thai / Giulia Costa / Kan Li / Gillian Q Horn / Yevel Flores-Garcia / Alexandre ...著者: Iga Kucharska / Špela Binter / Rajagopal Murugan / Stephen W Scally / Julia Ludwig / Katherine Prieto / Elaine Thai / Giulia Costa / Kan Li / Gillian Q Horn / Yevel Flores-Garcia / Alexandre Bosch / Taylor Sicard / John L Rubinstein / Fidel Zavala / S Moses Dennison / Georgia D Tomaras / Elena A Levashina / Paul Kellam / Hedda Wardemann / Jean-Philippe Julien /
要旨: Antibodies targeting the human malaria parasite Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP) can prevent infection and disease. PfCSP contains multiple central repeating NANP motifs; some ...Antibodies targeting the human malaria parasite Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP) can prevent infection and disease. PfCSP contains multiple central repeating NANP motifs; some of the most potent anti-infective antibodies against malaria bind to these repeats. Multiple antibodies can bind the repeating epitopes concurrently by engaging into homotypic Fab-Fab interactions, which results in the ordering of the otherwise largely disordered central repeat into a spiral. Here, we characterize IGHV3-33/IGKV1-5-encoded monoclonal antibody (mAb) 850 elicited by immunization of transgenic mice with human immunoglobulin loci. mAb 850 binds repeating NANP motifs with picomolar affinity, potently inhibits Plasmodium falciparum (Pf) in vitro and, when passively administered in a mouse challenge model, reduces liver burden to a similar extent as some of the most potent anti-PfCSP mAbs yet described. Like other IGHV3-33/IGKV1-5-encoded anti-NANP antibodies, mAb 850 primarily utilizes its HCDR3 and germline-encoded aromatic residues to recognize its core NANP motif. Biophysical and cryo-electron microscopy analyses reveal that up to 19 copies of Fab 850 can bind the PfCSP repeat simultaneously, and extensive homotypic interactions are observed between densely-packed PfCSP-bound Fabs to indirectly improve affinity to the antigen. Together, our study expands on the molecular understanding of repeat-induced homotypic interactions in the B cell response against PfCSP for potently protective mAbs against Pf infection.
履歴
登録2022年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 850 Fab Heavy Chain
a: 850 Fab Light Chain
B: 850 Fab Heavy Chain
b: 850 Fab Light Chain
C: 850 Fab Heavy Chain
c: 850 Fab Light Chain
D: 850 Fab Heavy Chain
d: 850 Fab Light Chain
E: 850 Fab Heavy Chain
e: 850 Fab Light Chain
F: 850 Fab Heavy Chain
f: 850 Fab Light Chain
G: 850 Fab Heavy Chain
g: 850 Fab Light Chain
H: 850 Fab Heavy Chain
h: 850 Fab Light Chain
X: Circumsporozoite protein
I: 850 Fab Heavy Chain
i: 850 Fab Light Chain
J: 850 Fab Heavy Chain
j: 850 Fab Light Chain
K: 850 Fab Heavy Chain
k: 850 Fab Light Chain
L: 850 Fab Heavy Chain
l: 850 Fab Light Chain
M: 850 Fab Heavy Chain
m: 850 Fab Light Chain
N: 850 Fab Heavy Chain
n: 850 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)707,92729
ポリマ－707,92729
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: 抗体
850 Fab Heavy Chain


分子量: 24234.037 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
850 Fab Light Chain


分子量: 23476.045 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Circumsporozoite protein / CS / PfCSP


分子量: 39986.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: CSP, PF3D7_0304600 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7K740
Has protein modificationY
配列の詳細The Pro-Asn-Ala-Asn at positions 177-180 in the sequence is actually Pro-Asn-Val-Asp. However, not ...The Pro-Asn-Ala-Asn at positions 177-180 in the sequence is actually Pro-Asn-Val-Asp. However, not all of the protein is visible in the map, and it cannot be determined where the Pro-Asn-Val-Asp segments are in the model. Therefore, it was all modeled as Pro-Asn-Ala-Asn. The actual sequence of this protein is: FQEYQCYGSSSNTRVLNELNYDNAGTNLYNELEMNYYGKQENWYSLKKNSRSLGENDDGN NEDNEKLRKPKHKKLKQPADGNPDPNANPNVDPNANPNVDPNANPNVDPNANPNANPNAN PNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNVD PNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNAN PNANPNANPNANPNKNNQGNGQGHNMPNDPNRNVDENANANSAVKNNNNEEPSDKHIKEY LNKIQNSLSTEWSPCSVTCGNGIQVRIKPGSANKPKDELDYANDIEKKICKMEKCSSVFN VVQSSPHHHHHH

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1complex of Plasmodium falciparum circumsporozoite protein with 850 Fab.COMPLEXall0RECOMBINANT
2Plasmodium falciparum circumsporozoite proteinCOMPLEX#31RECOMBINANT
3850 FabCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)5833
43Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTRISC4H11NO31
2150 mMSodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 45.24 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 4306

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2画像取得
4cryoSPARC2CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
11cryoSPARC2分類
12cryoSPARC2３次元再構成
13PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1295064
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 165747 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 40.27 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007948529
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.607766093
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0467405
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00478452
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.498417188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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