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万見
- PDB-7uzk: Rat Kidney V1 complex lacking subunit H with SidK and NCOA7B, State 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uzk
タイトルRat Kidney V1 complex lacking subunit H with SidK and NCOA7B, State 1
要素
  • (ATPase H+-transporting V1 subunit ...) x 2
  • (V-type proton ATPase subunit ...) x 5
  • Effector SidK
  • Nuclear receptor coactivator 7B
キーワードPROTON TRANSPORT / V-ATPase / Complex / Membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / symbiont-mediated suppression of host phagosome acidification / Insulin receptor recycling / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / synaptic vesicle lumen acidification / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / cellular response to increased oxygen levels / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain ...Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / symbiont-mediated suppression of host phagosome acidification / Insulin receptor recycling / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / synaptic vesicle lumen acidification / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / cellular response to increased oxygen levels / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / clathrin-coated vesicle membrane / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / protein localization to cilium / vacuolar acidification / regulation of cellular pH / ROS and RNS production in phagocytes / Neutrophil degranulation / ATPase complex / microvillus / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / cilium assembly / H+-transporting two-sector ATPase / ATP metabolic process / ruffle / proton transmembrane transport / secretory granule / apical part of cell / synaptic vesicle membrane / melanosome / ATPase binding / intracellular iron ion homeostasis / endosome / cilium / apical plasma membrane / lysosomal membrane / centrosome / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATPase, V1 complex, subunit A / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V1 complex, subunit D / V-type ATPase subunit E ...ATPase, V1 complex, subunit A / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V1 complex, subunit D / V-type ATPase subunit E / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit barrel-sandwich domain / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / V-type proton ATPase subunit G / V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-type proton ATPase subunit C 1 / Type IV secretion protein Dot / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit E 1
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Abbas, Y.M. / Rubinstein, J.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of V-ATPase with NCOA7B
著者: Abbas, Y.M. / Rubinstein, J.L.
履歴
登録2022年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase H+-transporting V1 subunit A
B: ATPase H+-transporting V1 subunit A
C: ATPase H+-transporting V1 subunit A
D: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
E: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
F: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
G: V-type proton ATPase subunit C 1
H: ATPase H+-transporting V1 subunit D
I: V-type proton ATPase subunit E 1
J: V-type proton ATPase subunit E 1
K: V-type proton ATPase subunit E 1
L: V-type proton ATPase subunit F
M: V-type proton ATPase subunit G
N: V-type proton ATPase subunit G
O: V-type proton ATPase subunit G
Q: Effector SidK
R: Effector SidK
S: Effector SidK
T: Nuclear receptor coactivator 7B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)702,75621
ポリマ－702,30519
非ポリマー4522
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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ATPase H+-transporting V1 subunit ... , 2種, 4分子 ABCH

#1: タンパク質 ATPase H+-transporting V1 subunit A / RCG52629


分子量: 68341.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: D4A133
#4: タンパク質 ATPase H+-transporting V1 subunit D / ATPase / H+ transporting / V1 subunit D / isoform CRA_c / lysosomal V1 subunit D


分子量: 28359.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6P503

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V-type proton ATPase subunit ... , 5種, 11分子 DEFGIJKLMNO

#2: タンパク質 V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-ATPase subunit B 2 / Endomembrane proton pump 58 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit B 2


分子量: 56611.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62815
#3: タンパク質 V-type proton ATPase subunit C 1 / V-ATPase subunit C 1 / Vacuolar proton pump subunit C 1


分子量: 43958.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5FVI6
#5: タンパク質 V-type proton ATPase subunit E 1 / V-ATPase subunit E 1 / Vacuolar proton pump subunit E 1


分子量: 26167.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6PCU2
#6: タンパク質 V-type proton ATPase subunit F / V-ATPase subunit F / V-ATPase 14 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit F


分子量: 13389.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P50408
#7: タンパク質 V-type proton ATPase subunit G


分子量: 13733.393 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: B2GUV5

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タンパク質 , 2種, 4分子 QRST

#8: タンパク質 Effector SidK


分子量: 32146.178 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: lpg0968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZWW6
#9: タンパク質 Nuclear receptor coactivator 7B


分子量: 25596.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 2分子

#10: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rat Kidney V1 Complex with SidK and NCOA7B / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm
撮影電子線照射量: 40.826 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 175138
詳細: Model-map FSC (threshold 0.5) calculated in phenix.validation_cryoem
対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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