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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uz7 | ||||||
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タイトル | Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the mouse antibody Fab fragment, M8a-31 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / immune system / neutralizing antibody / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Fan, C. / Bjorkman, P.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2022 タイトル: Neutralizing monoclonal antibodies elicited by mosaic RBD nanoparticles bind conserved sarbecovirus epitopes. 著者: Chengcheng Fan / Alexander A Cohen / Miso Park / Alfur Fu-Hsin Hung / Jennifer R Keeffe / Priyanthi N P Gnanapragasam / Yu E Lee / Han Gao / Leesa M Kakutani / Ziyan Wu / Harry Kleanthous / ...著者: Chengcheng Fan / Alexander A Cohen / Miso Park / Alfur Fu-Hsin Hung / Jennifer R Keeffe / Priyanthi N P Gnanapragasam / Yu E Lee / Han Gao / Leesa M Kakutani / Ziyan Wu / Harry Kleanthous / Kathryn E Malecek / John C Williams / Pamela J Bjorkman / 要旨: Increased immune evasion by SARS-CoV-2 variants of concern highlights the need for new therapeutic neutralizing antibodies. Immunization with nanoparticles co-displaying spike receptor-binding ...Increased immune evasion by SARS-CoV-2 variants of concern highlights the need for new therapeutic neutralizing antibodies. Immunization with nanoparticles co-displaying spike receptor-binding domains (RBDs) from eight sarbecoviruses (mosaic-8 RBD-nanoparticles) efficiently elicits cross-reactive polyclonal antibodies against conserved sarbecovirus RBD epitopes. Here, we identified monoclonal antibodies (mAbs) capable of cross-reactive binding and neutralization of animal sarbecoviruses and SARS-CoV-2 variants by screening single mouse B cells secreting IgGs that bind two or more sarbecovirus RBDs. Single-particle cryo-EM structures of antibody-spike complexes, including a Fab-Omicron complex, mapped neutralizing mAbs to conserved class 1/4 RBD epitopes. Structural analyses revealed neutralization mechanisms, potentials for intra-spike trimer cross-linking by IgGs, and induced changes in trimer upon Fab binding. In addition, we identified a mAb-resembling Bebtelovimab, an EUA-approved human class 3 anti-RBD mAb. These results support using mosaic RBD-nanoparticle vaccination to generate and identify therapeutic pan-sarbecovirus and pan-variant mAbs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uz7.cif.gz | 690.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uz7.ent.gz | 561.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uz7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uz7_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uz7_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uz7_validation.xml.gz | 110.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uz7_validation.cif.gz | 165.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/7uz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/7uz7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26881MC 7uz4C 7uz5C 7uz6C 7uz8C 7uz9C 7uzaC 7uzbC 7uzcC 7uzdC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 139344.438 Da / 分子数: 3 / 断片: Spike 6P / 変異: P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 抗体 | 分子量: 24474.289 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 24188.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 多糖 | #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 2646 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 670746 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 295711 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 100 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7SC1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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