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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uwr | |||||||||
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タイトル | KSQ+AT from first module of the pikromycin synthase | |||||||||
要素 | Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA1, modules 1 and 2 | |||||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / ketosynthase-like / acyltransferase / decarboxylation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 10-deoxymethynolide synthase / narbonolide synthase / macrolide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptomyces venezuelae (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å | |||||||||
データ登録者 | Keatinge-Clay, A.T. / Dickinson, M.S. / Miyazawa, T. / McCool, R.S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2022 タイトル: Priming enzymes from the pikromycin synthase reveal how assembly-line ketosynthases catalyze carbon-carbon chemistry. 著者: Miles S Dickinson / Takeshi Miyazawa / Ryan S McCool / Adrian T Keatinge-Clay / 要旨: The first domain of modular polyketide synthases (PKSs) is most commonly a ketosynthase (KS)-like enzyme, KS, that primes polyketide synthesis. Unlike downstream KSs that fuse α-carboxyacyl groups ...The first domain of modular polyketide synthases (PKSs) is most commonly a ketosynthase (KS)-like enzyme, KS, that primes polyketide synthesis. Unlike downstream KSs that fuse α-carboxyacyl groups to growing polyketide chains, it performs an extension-decoupled decarboxylation of these groups to generate primer units. When Pik127, a model triketide synthase constructed from modules of the pikromycin synthase, was studied by cryoelectron microscopy (cryo-EM), the dimeric didomain comprised of KS and the neighboring methylmalonyl-selective acyltransferase (AT) dominated the class averages and yielded structures at 2.5- and 2.8-Å resolution, respectively. Comparisons with ketosynthases complexed with their substrates revealed the conformation of the (2S)-methylmalonyl-S-phosphopantetheinyl portion of KS and KS substrates prior to decarboxylation. Point mutants of Pik127 probed the roles of residues in the KS active site, while an AT-swapped version of Pik127 demonstrated that KS can also decarboxylate malonyl groups. Mechanisms for how KS and KS domains catalyze carbon-carbon chemistry are proposed. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uwr.cif.gz | 284.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uwr.ent.gz | 224.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uwr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uwr_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uwr_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uwr_validation.xml.gz | 56.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uwr_validation.cif.gz | 85.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/7uwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/7uwr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26839MC 8czcC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 91797.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア) 遺伝子: pikAI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K207-3 参照: UniProt: Q9ZGI5, 10-deoxymethynolide synthase, narbonolide synthase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pik127 / タイプ: COMPLEX 詳細: Polyketide synthase engineered from the first, second, and seventh modules of the pikromycin synthase as described in Miyazawa et al., 2021, Chem. Commun. 57:8762-8765 Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.41 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア) / 株: 15439 | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K207-3 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Buffer was made fresh because TCEP rapidly degrades in phosphate | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: This sample was monodisperse. It was incubated with its substrates, methylmalonyl-CoA and NADPH, for 30 min. at 25 C before freezing. | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: Blotted for 3 seconds with a force of "1" before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS 詳細: Collected 4284 movies at 0 degrees tilt and 2912 movies at -30 degrees tilt |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 61728 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7196 / 詳細: 20 frames per second |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 100 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTF correction performed by cryosparc during reconstruction タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 6761206 詳細: From blob picker, 6,761,206 particles were selected. Then, from template picker, 2,350,020 particles were selected. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184737 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: Density modification in Phenix / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Phenix | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2QO3 Accession code: 2QO3 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |