+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7usf | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mouse mammary tumor virus strand transfer complex intasome | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE/DNA / Integrase-DNA complex / hydrolase / VIRAL PROTEIN / HYDROLASE-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUTP diphosphatase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity ...dUTP diphosphatase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Jozwik, I. / Lyumkis, D. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: B-to-A transition in target DNA during retroviral integration. 著者: Ilona K Jóźwik / Wen Li / Da-Wei Zhang / Doris Wong / Julia Grawenhoff / Allison Ballandras-Colas / Sriram Aiyer / Peter Cherepanov / Alan N Engelman / Dmitry Lyumkis / 要旨: Integration into host target DNA (tDNA), a hallmark of retroviral replication, is mediated by the intasome, a multimer of integrase (IN) assembled on viral DNA (vDNA) ends. To ascertain aspects of ...Integration into host target DNA (tDNA), a hallmark of retroviral replication, is mediated by the intasome, a multimer of integrase (IN) assembled on viral DNA (vDNA) ends. To ascertain aspects of tDNA recognition during integration, we have solved the 3.5 Å resolution cryo-EM structure of the mouse mammary tumor virus (MMTV) strand transfer complex (STC) intasome. The tDNA adopts an A-like conformation in the region encompassing the sites of vDNA joining, which exposes the sugar-phosphate backbone for IN-mediated strand transfer. Examination of existing retroviral STC structures revealed conservation of A-form tDNA in the analogous regions of these complexes. Furthermore, analyses of sequence preferences in genomic integration sites selectively targeted by six different retroviruses highlighted consistent propensity for A-philic sequences at the sites of vDNA joining. Our structure additionally revealed several novel MMTV IN-DNA interactions, as well as contacts seen in prior STC structures, including conserved Pro125 and Tyr149 residues interacting with tDNA. In infected cells, Pro125 substitutions impacted the global pattern of MMTV integration without significantly altering local base sequence preferences at vDNA insertion sites. Collectively, these data advance our understanding of retroviral intasome structure and function, as well as factors that influence patterns of vDNA integration in genomic DNA. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7usf.cif.gz | 224.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7usf.ent.gz | 174.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7usf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7usf_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7usf_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7usf_validation.xml.gz | 39.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7usf_validation.cif.gz | 57.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/7usf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/7usf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26737MC 7ut1C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
2 |
|
3 |
|
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称)) |
-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 35753.332 Da / 分子数: 4 / 変異: T252S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス) 遺伝子: gag-pro-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O56220 |
---|
-DNA鎖 , 3種, 3分子 IJK
#2: DNA鎖 | 分子量: 9234.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス) |
---|---|
#3: DNA鎖 | 分子量: 12875.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 4980.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス) |
-非ポリマー , 2種, 5分子
#5: 化合物 | ChemComp-ZN / #6: 化合物 | ChemComp-CA / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: MMTV strand transfer complex intasome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.3 kDa/nm / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: MMTV STC intasomes were applied onto R1.2/1.3 gold UltrAufoil grids, Au 300 mesh (Quantifoil). Cryo-EM grids were prepared by manually freezing using a manual plunger in cold room at 4C and ...詳細: MMTV STC intasomes were applied onto R1.2/1.3 gold UltrAufoil grids, Au 300 mesh (Quantifoil). Cryo-EM grids were prepared by manually freezing using a manual plunger in cold room at 4C and stored in liquid nitrogen for future data acquisition. | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE 詳細: Cryo-EM grids were prepared by freezing using a manual plunger in cold room at 4C |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 倍率(補正後): 38167 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 67 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1578 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 100 / 利用したフレーム数/画像: 1-100 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1048508 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50196 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC 詳細: Initial model building was accomplished by rigid-body fitting of the MMTV CSC structure downloaded from the Protein Data Bank (PDB ID: 3JCA) into the EM map in Chimera 1.14 by Fit in Map tool. ...詳細: Initial model building was accomplished by rigid-body fitting of the MMTV CSC structure downloaded from the Protein Data Bank (PDB ID: 3JCA) into the EM map in Chimera 1.14 by Fit in Map tool. Unmodeled protein and DNA residues were manually built in Coot 0.9.4.1 and the structure underwent a few iterative cycles of manual model re-building and real-space refinement in Phenix. Ramachandran and secondary structure restraints were applied. To model the full octameric intasome, we additionally rigid-body docked the flanking IN dimers (PDB ID: 5CZ2) into the map. The density connecting the flanking dimers and the core was evident, but broken, and therefore a model was not derived for the linker regions. The final model accounts for the complete octameric MMTV STC intasome with connections for the linker regions. |