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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7usb | ||||||
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タイトル | CCoV-HuPn-2018 S in the swung out conformation (local refinement of domain 0) | ||||||
![]() | Spike glycoprotein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Human coronavirus / Coronavirus / CCoV-HuPn-2018 / spike glycoprotein / Alpha-coronaviruses / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
機能・相同性 | ![]() endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
![]() | Tortorici, M.A. / Veesler, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure, receptor recognition, and antigenicity of the human coronavirus CCoV-HuPn-2018 spike glycoprotein. 著者: M Alejandra Tortorici / Alexandra C Walls / Anshu Joshi / Young-Jun Park / Rachel T Eguia / Marcos C Miranda / Elizabeth Kepl / Annie Dosey / Terry Stevens-Ayers / Michael J Boeckh / Amalio ...著者: M Alejandra Tortorici / Alexandra C Walls / Anshu Joshi / Young-Jun Park / Rachel T Eguia / Marcos C Miranda / Elizabeth Kepl / Annie Dosey / Terry Stevens-Ayers / Michael J Boeckh / Amalio Telenti / Antonio Lanzavecchia / Neil P King / Davide Corti / Jesse D Bloom / David Veesler / ![]() ![]() 要旨: The isolation of CCoV-HuPn-2018 from a child respiratory swab indicates that more coronaviruses are spilling over to humans than previously appreciated. We determined the structures of the CCoV-HuPn- ...The isolation of CCoV-HuPn-2018 from a child respiratory swab indicates that more coronaviruses are spilling over to humans than previously appreciated. We determined the structures of the CCoV-HuPn-2018 spike glycoprotein trimer in two distinct conformational states and showed that its domain 0 recognizes sialosides. We identified that the CCoV-HuPn-2018 spike binds canine, feline, and porcine aminopeptidase N (APN) orthologs, which serve as entry receptors, and determined the structure of the receptor-binding B domain in complex with canine APN. The introduction of an oligosaccharide at position N739 of human APN renders cells susceptible to CCoV-HuPn-2018 spike-mediated entry, suggesting that single-nucleotide polymorphisms might account for viral detection in some individuals. Human polyclonal plasma antibodies elicited by HCoV-229E infection and a porcine coronavirus monoclonal antibody inhibit CCoV-HuPn-2018 spike-mediated entry, underscoring the cross-neutralizing activity among ɑ-coronaviruses. These data pave the way for vaccine and therapeutic development targeting this zoonotic pathogen representing the eighth human-infecting coronavirus. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26731MC ![]() 7u0lC ![]() 7us6C ![]() 7us9C ![]() 7usaC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37624.590 Da / 分子数: 1 / 断片: CCoV-HuPn-2018 S domain 0 in swung out conformation / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#3: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: CCoV-HuPn-2018 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
EM embedding | Material: Tris buffer saline |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102954 / 対称性のタイプ: POINT |