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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ur4 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of the Neutralizing Antibody MPV467 in Complex with Prefusion Human Metapneumovirus F Glycoprotein | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / neutralizing antibody / fusion protein / metapneumovirus / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Human metapneumovirus (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å | |||||||||
データ登録者 | Rush, S.A. / McLellan, J.S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Structural basis for ultrapotent antibody-mediated neutralization of human metapneumovirus. 著者: Avik Banerjee / Jiachen Huang / Scott A Rush / Jackelyn Murray / Aaron D Gingerich / Fredejah Royer / Ching-Lin Hsieh / Ralph A Tripp / Jason S McLellan / Jarrod J Mousa / 要旨: Human metapneumovirus (hMPV) is a leading cause of morbidity and hospitalization among children worldwide, however, no vaccines or therapeutics are currently available for hMPV disease prevention and ...Human metapneumovirus (hMPV) is a leading cause of morbidity and hospitalization among children worldwide, however, no vaccines or therapeutics are currently available for hMPV disease prevention and treatment. The hMPV fusion (F) protein is the sole target of neutralizing antibodies. To map the immunodominant epitopes on the hMPV F protein, we isolated a panel of human monoclonal antibodies (mAbs), and the mAbs were assessed for binding avidity, neutralization potency, and epitope specificity. We found the majority of the mAbs target diverse epitopes on the hMPV F protein, and we discovered multiple mAb binding approaches for antigenic site III. The most potent mAb, MPV467, which had picomolar potency, was examined in prophylactic and therapeutic mouse challenge studies, and MPV467 limited virus replication in mouse lungs when administered 24 h before or 72 h after viral infection. We determined the structure of MPV467 in complex with the hMPV F protein using cryo-electron microscopy to a resolution of 3.3 Å, which revealed a complex novel prefusion-specific epitope overlapping antigenic sites II and V on a single protomer. Overall, our data reveal insights into the immunodominant antigenic epitopes on the hMPV F protein, identify a mAb therapy for hMPV F disease prevention and treatment, and provide the discovery of a prefusion-specific epitope on the hMPV F protein. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ur4.cif.gz | 741.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ur4.ent.gz | 610.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ur4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ur4_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ur4_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ur4_validation.xml.gz | 63.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ur4_validation.cif.gz | 97.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/7ur4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/7ur4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26704MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60489.930 Da / 分子数: 3 変異: Q100R, S101R, A185P, G294E, A140C, A147C, L110C, N322C, T127C, N153C, T365C, V463C, L219K, V231I, E453Q, V84C, A249C 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human metapneumovirus (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: H6X1Z1 #2: 抗体 | 分子量: 24023.779 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 22621.924 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 多糖 | #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules of MPV467 Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Human metapneumovirus (ウイルス) / 株: NL/1/00 | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 150000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 807472 | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85671 / 対称性のタイプ: POINT |