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- PDB-7uoj: The CryoEM structure of N49-P9.6-FR3 and PGT121 Fabs in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uoj
タイトルThe CryoEM structure of N49-P9.6-FR3 and PGT121 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664
要素
  • (Envelope glycoprotein ...) x 2
  • (N49-P9.6-FR3 Fab ...) x 2
  • PGT121 Fab heavy chain
  • PGT121 Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / envelope trimer / GP120 / GP41 / viral entry / type-1 membrane fusion glycoprotein / N49P9.6-FR3 / PGT121 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.02 Å
データ登録者Nguyen, D.N. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI147870 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of N49-P9.6-FR3 and PGT121 Fabs in complex with BG505 SOSIP
著者: Nguyen, D.N. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
履歴
登録2022年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年3月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_software / pdbx_branch_scheme / pdbx_contact_author / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine_ls_restr / software / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.chain_id / _em_3d_fitting_list.chain_residue_range / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id / _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num / _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
解説: Ligand geometry
詳細: NAG 1 chain W, NAG 1 chain n, and NAG 1 chain y were not correctly linked to Asn 276 on chains G, A, and I respectively. We refit the glycans of chains W, n, and y to fit the map and make the ...詳細: NAG 1 chain W, NAG 1 chain n, and NAG 1 chain y were not correctly linked to Asn 276 on chains G, A, and I respectively. We refit the glycans of chains W, n, and y to fit the map and make the correct bond link to the corresponding asparagines.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Envelope glycoprotein gp120
B: Envelope glycoprotein gp41
H: N49-P9.6-FR3 Fab heavy chain
L: N49-P9.6-FR3 Fab light chain
l: PGT121 Fab light chain
h: PGT121 Fab heavy chain
A: Envelope glycoprotein gp120
C: Envelope glycoprotein gp41
D: N49-P9.6-FR3 Fab heavy chain
E: N49-P9.6-FR3 Fab light chain
e: PGT121 Fab light chain
d: PGT121 Fab heavy chain
I: Envelope glycoprotein gp120
J: Envelope glycoprotein gp41
K: N49-P9.6-FR3 Fab heavy chain
M: N49-P9.6-FR3 Fab light chain
m: PGT121 Fab light chain
k: PGT121 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)521,66766
ポリマ－498,02018
非ポリマー23,64748
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Envelope glycoprotein ... , 2種, 6分子 GAIBCJ

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp120


分子量: 54064.277 Da / 分子数: 3 / 変異: T330N,A498C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Env mimic BG505 SOSIP.664
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / Cell (発現宿主): HEK GnT1- 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein gp41 / Env polyprotein


分子量: 17146.482 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 509-661 / 変異: I556P,T602C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Env mimic BG505 SOSIP.664
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / Cell (発現宿主): HEK Gnt1- 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6

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抗体 , 4種, 12分子 HDKLEMlemhdk

#3: 抗体 N49-P9.6-FR3 Fab heavy chain


分子量: 25024.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 N49-P9.6-FR3 Fab light chain


分子量: 21733.291 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 PGT121 Fab light chain


分子量: 22869.338 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 PGT121 Fab heavy chain


分子量: 25169.230 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 6種, 48分子

#7: 多糖...
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: One BG505 SOSIP.644 trimer in complex with three N49-P9.6-FR3 Fabs and three PGT121 Fabs.
タイプ: COMPLEX
詳細: Fab fragments were generated from papain digest of their respective IgGs. Each component was purified separately. Components were mixed and the complex was purified by gel filtration.
Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)11676
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: Phosphate buffered saline
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Quantifoil R1.2/1.3
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 58.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4368

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得used to collect micrographs
3cryoSPARC画像取得used to select particles
5cryoSPARCCTF補正
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10UCSF ChimeraX初期オイラー角割当
11PHENIX最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13PHENIX３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
画像処理詳細: Data sets from two grid types were combined into a single data set.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 3151423
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 132055 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDChain residue rangeInitial refinement model-IDPdb chain residue range
16CDI

6cdi

G6CDIG31-505131-505
26CDI

6cdi

A6CDIA31-505131-505
36CDI

6cdi

I6CDII31-505131-505
46CDI

6cdi

B6CDIB513-6641513-664
56CDI

6cdi

C6CDIC513-6641513-664
66CDI

6cdi

J6CDIJ513-6641513-664
75CEZ

5cez

h5CEZh1-11221-112
85CEZ

5cez

d5CEZd1-11221-112
95CEZ

5cez

k5CEZk1-11221-112
105CEZ

5cez

l5CEZl6-10726-107
115CEZ

5cez

e5CEZe6-10726-107
125CEZ

5cez

m5CEZm6-10726-107
137SX7

7sx7

H7SX7H1-11231-112
147SX7

7sx7

D7SX7D1-11231-112
157SX7

7sx7

K7SX7K1-11231-112
167SX7

7sx7

L7SX7L3-10733-107
177SX7

7sx7

E7SX7E3-10733-107
187SX7

7sx7

M7SX7M3-10733-107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00426700
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68736282
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.364257
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0544356
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054482

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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