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- PDB-7umk: Structure of vesicular stomatitis virus (helical reconstruction, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7umk
タイトルStructure of vesicular stomatitis virus (helical reconstruction, 4.1 A resolution)
要素
  • Matrix protein
  • Nucleoprotein
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードVIRUS / Vesicular stomatitis virus / bullet-shaped particle / Rhrabdovirus / nucleocapsid / helical reconstruction / cryo electron microscopy / nucleoprotein / matrix protein / RNA / assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host transcription initiation from RNA polymerase II promoter / RNA replication / host cell nuclear membrane / phosphorylation / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / viral nucleocapsid / structural constituent of virion ...symbiont-mediated suppression of host transcription initiation from RNA polymerase II promoter / RNA replication / host cell nuclear membrane / phosphorylation / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / viral envelope / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Vesiculovirus matrix / VSV matrix superfamily / Vesiculovirus matrix protein / Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Matrix protein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Jenni, S. / Horwitz, J.A. / Bloyet, L.-M. / Whelan, S.P.J. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)R37-AI1059371 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)R01-CA13202 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Visualizing molecular interactions that determine assembly of a bullet-shaped vesicular stomatitis virus particle.
著者: Simon Jenni / Joshua A Horwitz / Louis-Marie Bloyet / Sean P J Whelan / Stephen C Harrison /
要旨: Vesicular stomatitis virus (VSV) is a negative-strand RNA virus with a non-segmented genome, closely related to rabies virus. Both have characteristic bullet-like shapes. We report the structure of ...Vesicular stomatitis virus (VSV) is a negative-strand RNA virus with a non-segmented genome, closely related to rabies virus. Both have characteristic bullet-like shapes. We report the structure of intact, infectious VSV particles determined by cryogenic electron microscopy. By compensating for polymorphism among viral particles with computational classification, we obtained a reconstruction of the shaft ("trunk") at 3.5 Å resolution, with lower resolution for the rounded tip. The ribonucleoprotein (RNP), genomic RNA complexed with nucleoprotein (N), curls into a dome-like structure with about eight gradually expanding turns before transitioning into the regular helical trunk. Two layers of matrix (M) protein link the RNP with the membrane. Radial inter-layer subunit contacts are fixed within single RNA-N-M1-M2 modules, but flexible lateral and axial interactions allow assembly of polymorphic virions. Together with published structures of recombinant N in various states, our results suggest a mechanism for membrane-coupled self-assembly of VSV and its relatives.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Visualizing Molecular Interactions that Determine Assembly of a Bullet-Shaped Vesicular Stomatitis Virus Particle
著者: Jenni, S. / Horwitz, J.A. / Bloyet, L.-M. / Whelan, S.P.J. / Harrison, S.C.
履歴
登録2022年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Matrix protein
C: Matrix protein
R: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3814
ポリマ－102,3814
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleoprotein
B: Matrix protein
C: Matrix protein
R: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
x 144


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,742,806576
ポリマ－14,742,806576
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
helical symmetry operation143
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 144 / Rise per n subunits: 1.34094 Å / Rotation per n subunits: -9.3516 °)

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / NP / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 47463.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P03521
#2: タンパク質 Matrix protein / M protein


分子量: 26103.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P03519
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 2710.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vesicular stomatitis Indiana virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
由来(組換発現)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -9.3516 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.34094 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21530 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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