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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7umk | |||||||||
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タイトル | Structure of vesicular stomatitis virus (helical reconstruction, 4.1 A resolution) | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Vesicular stomatitis virus / bullet-shaped particle / Rhrabdovirus / nucleocapsid / helical reconstruction / cryo electron microscopy / nucleoprotein / matrix protein / RNA / assembly | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host transcription initiation from RNA polymerase II promoter / RNA replication / host cell nuclear membrane / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / phosphorylation / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm ...symbiont-mediated suppression of host transcription initiation from RNA polymerase II promoter / RNA replication / host cell nuclear membrane / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / phosphorylation / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / structural constituent of virion / ribonucleoprotein complex / viral envelope / apoptotic process / virion membrane / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Jenni, S. / Horwitz, J.A. / Bloyet, L.-M. / Whelan, S.P.J. / Harrison, S.C. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Visualizing molecular interactions that determine assembly of a bullet-shaped vesicular stomatitis virus particle. 著者: Simon Jenni / Joshua A Horwitz / Louis-Marie Bloyet / Sean P J Whelan / Stephen C Harrison / 要旨: Vesicular stomatitis virus (VSV) is a negative-strand RNA virus with a non-segmented genome, closely related to rabies virus. Both have characteristic bullet-like shapes. We report the structure of ...Vesicular stomatitis virus (VSV) is a negative-strand RNA virus with a non-segmented genome, closely related to rabies virus. Both have characteristic bullet-like shapes. We report the structure of intact, infectious VSV particles determined by cryogenic electron microscopy. By compensating for polymorphism among viral particles with computational classification, we obtained a reconstruction of the shaft ("trunk") at 3.5 Å resolution, with lower resolution for the rounded tip. The ribonucleoprotein (RNP), genomic RNA complexed with nucleoprotein (N), curls into a dome-like structure with about eight gradually expanding turns before transitioning into the regular helical trunk. Two layers of matrix (M) protein link the RNP with the membrane. Radial inter-layer subunit contacts are fixed within single RNA-N-M1-M2 modules, but flexible lateral and axial interactions allow assembly of polymorphic virions. Together with published structures of recombinant N in various states, our results suggest a mechanism for membrane-coupled self-assembly of VSV and its relatives. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Visualizing Molecular Interactions that Determine Assembly of a Bullet-Shaped Vesicular Stomatitis Virus Particle 著者: Jenni, S. / Horwitz, J.A. / Bloyet, L.-M. / Whelan, S.P.J. / Harrison, S.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7umk.cif.gz | 277.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7umk.ent.gz | 226.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7umk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7umk_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7umk_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7umk_validation.xml.gz | 34.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7umk_validation.cif.gz | 53.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26602MC 7umlC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 144
2 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 144 / Rise per n subunits: 1.34094 Å / Rotation per n subunits: -9.3516 °) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47463.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス) 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P03521 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 26103.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス) 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P03519 #3: RNA鎖 | | 分子量: 2710.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス) 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Vesicular stomatitis Indiana virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -9.3516 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.34094 Å / らせん対称軸の対称性: C1 |
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21530 / 対称性のタイプ: HELICAL |
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL |