+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7um0 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the phage AR9 non-virion RNA polymerase holoenzyme in complex with two DNA oligonucleotides containing the AR9 P077 promoter as determined by cryo-EM | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / RNAP / deoxyuridine / template-strand promoter / sigma-like factor / gp226 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus phage AR9 (ファージ) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Leiman, P.G. / Fraser, A. / Sokolova, M.L. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis of template strand deoxyuridine promoter recognition by a viral RNA polymerase. 著者: Alec Fraser / Maria L Sokolova / Arina V Drobysheva / Julia V Gordeeva / Sergei Borukhov / John Jumper / Konstantin V Severinov / Petr G Leiman / 要旨: Recognition of promoters in bacterial RNA polymerases (RNAPs) is controlled by sigma subunits. The key sequence motif recognized by the sigma, the -10 promoter element, is located in the non-template ...Recognition of promoters in bacterial RNA polymerases (RNAPs) is controlled by sigma subunits. The key sequence motif recognized by the sigma, the -10 promoter element, is located in the non-template strand of the double-stranded DNA molecule ~10 nucleotides upstream of the transcription start site. Here, we explain the mechanism by which the phage AR9 non-virion RNAP (nvRNAP), a bacterial RNAP homolog, recognizes the -10 element of its deoxyuridine-containing promoter in the template strand. The AR9 sigma-like subunit, the nvRNAP enzyme core, and the template strand together form two nucleotide base-accepting pockets whose shapes dictate the requirement for the conserved deoxyuridines. A single amino acid substitution in the AR9 sigma-like subunit allows one of these pockets to accept a thymine thus expanding the promoter consensus. Our work demonstrates the extent to which viruses can evolve host-derived multisubunit enzymes to make transcription of their own genes independent of the host. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7um0.cif.gz | 584.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7um0.ent.gz | 392.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7um0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7um0_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7um0_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7um0_validation.xml.gz | 72.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7um0_validation.cif.gz | 112 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7um0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7um0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-DNA-directed RNA ... , 5種, 5分子 AdcDC
#1: タンパク質 | 分子量: 54917.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Promoter-specificity subunit / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g226 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A172JIC8 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 51947.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal part of beta-prime subunit / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g270 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A172JIH0 |
#3: タンパク質 | 分子量: 58112.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal part of beta subunit / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g105 / Variant: Star / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A172JI16 |
#4: タンパク質 | 分子量: 73100.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal part of beta-prime subunit / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g154 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A172JI62, DNA-directed RNA polymerase |
#5: タンパク質 | 分子量: 76978.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal part of beta subunit / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g089 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A172JHZ2, DNA-directed RNA polymerase |
-DNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 2分子 B
#6: DNA鎖 | 分子量: 864.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|---|
#7: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: AR9 nvRNAP promoter complex / タイプ: COMPLEX 詳細: The complex consists of the AR9 nvRNAP holoenzyme and two copies of the same oligonucleotide containing the P077 promoter. Only three bases in one of the oligonucleotides are sufficiently ...詳細: The complex consists of the AR9 nvRNAP holoenzyme and two copies of the same oligonucleotide containing the P077 promoter. Only three bases in one of the oligonucleotides are sufficiently ordered for atomic model building. Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Bacillus phage AR9 (ファージ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3) Star |
緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 44 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 106867 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7S01 Accession code: 7S01 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 88.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|