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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ul7 | ||||||||||||
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タイトル | Lineage I (Pinneo) Lassa virus glycoprotein bound to 18.5C-M30 Fab | ||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / glycoprotein / antibody / lassa virus / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() host cell Golgi membrane / membrane => GO:0016020 / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å | ||||||||||||
![]() | Buck, T.K. / Enriquez, A.S. / Hastie, K.M. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Neutralizing Antibodies against Lassa Virus Lineage I. 著者: Tierra K Buck / Adrian S Enriquez / Sharon L Schendel / Michelle A Zandonatti / Stephanie S Harkins / Haoyang Li / Alex Moon-Walker / James E Robinson / Luis M Branco / Robert F Garry / Erica ...著者: Tierra K Buck / Adrian S Enriquez / Sharon L Schendel / Michelle A Zandonatti / Stephanie S Harkins / Haoyang Li / Alex Moon-Walker / James E Robinson / Luis M Branco / Robert F Garry / Erica Ollmann Saphire / Kathryn M Hastie / ![]() 要旨: Lassa virus (LASV) is the causative agent of the deadly Lassa fever (LF). Seven distinct LASV lineages circulate through western Africa, among which lineage I (LI), the first to be identified, is ...Lassa virus (LASV) is the causative agent of the deadly Lassa fever (LF). Seven distinct LASV lineages circulate through western Africa, among which lineage I (LI), the first to be identified, is particularly resistant to antibody neutralization. Lineage I LASV evades neutralization by half of known antibodies in the GPC-A antibody competition group and all but one of the antibodies in the GPC-B competition group. Here, we solve two cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of LI GP in complex with a GPC-A and a GPC-B antibody. We used complementary structural and biochemical techniques to identify single-amino-acid substitutions in LI that are responsible for immune evasion by each antibody group. Further, we show that LI infection is more dependent on the endosomal receptor lysosome-associated membrane protein 1 (LAMP1) for viral entry relative to LIV. In the absence of LAMP1, LI requires a more acidic fusion pH to initiate membrane fusion with the host cell relative to LIV. No vaccine or therapeutics are approved to prevent LASV infection or treat LF. All vaccine platforms currently under development present only the LIV GP sequence. However, our data suggest that the high genetic diversity of LASV may be problematic for designing both a broadly reactive immunogen and therapeutic. Here, we examine antibodies that are highly potent against LIV yet are ineffective against LI. By pinpointing LI mutations responsible for this decrease in antibody efficacy, we suggest that future vaccine platforms may need to incorporate specific LI-like mutations in order to generate a broadly neutralizing antibody response against all LASV lineages. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 469.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 377.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 81.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 118.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26594MC ![]() 7udsC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Glycoprotein ... , 2種, 6分子 CABcba
#1: タンパク質 | 分子量: 28987.398 Da / 分子数: 3 / 変異: Residues 255-258 mutated from RRLL to RRRR / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9IMJ0 #4: タンパク質 | 分子量: 23348.145 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9IMJ0 |
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-抗体 , 2種, 6分子 DLFEHG
#2: 抗体 | 分子量: 25880.822 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 26737.285 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 26分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Lineage I (Pinneo) Lassa virus glycoprotein bound to 18.5C-M30 Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.35 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 380210 / 対称性のタイプ: POINT |