+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ul3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM Structure of Inactive H2R Bound to Famotidine, Nb6M, and NabFab | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Antagonist / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gastric acid secretion / Histamine receptors / histamine receptor activity / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of vasoconstriction / G alpha (s) signalling events / chemical synaptic transmission / immune response ...gastric acid secretion / Histamine receptors / histamine receptor activity / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of vasoconstriction / G alpha (s) signalling events / chemical synaptic transmission / immune response / synapse / dendrite / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Robertson, M.J. / Skiniotis, G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Structure determination of inactive-state GPCRs with a universal nanobody. 著者: Michael J Robertson / Makaía M Papasergi-Scott / Feng He / Alpay B Seven / Justin G Meyerowitz / Ouliana Panova / Maria Claudia Peroto / Tao Che / Georgios Skiniotis / 要旨: Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has widened the field of structure-based drug discovery by allowing for routine determination of membrane protein structures previously intractable. Despite ...Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has widened the field of structure-based drug discovery by allowing for routine determination of membrane protein structures previously intractable. Despite representing one of the largest classes of therapeutic targets, most inactive-state G protein-coupled receptors (GPCRs) have remained inaccessible for cryo-EM because their small size and membrane-embedded nature impedes projection alignment for high-resolution map reconstructions. Here we demonstrate that the same single-chain camelid antibody (nanobody) recognizing a grafted intracellular loop can be used to obtain cryo-EM structures of inactive-state GPCRs at resolutions comparable or better than those obtained by X-ray crystallography. Using this approach, we obtained structures of neurotensin 1 receptor bound to antagonist SR48692, μ-opioid receptor bound to alvimopan, apo somatostatin receptor 2 and histamine receptor 2 bound to famotidine. We expect this rapid, straightforward approach to facilitate the broad exploration of GPCR inactive states without the need for extensive engineering and crystallization. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ul3.cif.gz | 140.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7ul3.ent.gz | 105.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ul3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ul3_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7ul3_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ul3_validation.xml.gz | 34.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ul3_validation.cif.gz | 49.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ul3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ul3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44770.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRH2, OPRK1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P25021, UniProt: A0A8B8VNB6 |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 14418.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: 抗体 | 分子量: 25684.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#4: 抗体 | 分子量: 23258.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#5: 化合物 | ChemComp-FO9 / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 58.58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 365068 / 対称性のタイプ: POINT |