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万見
- PDB-7uk4: KS-AT di-domain of mycobacterial Pks13 with endogenous KS ligand bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uk4
タイトルKS-AT di-domain of mycobacterial Pks13 with endogenous KS ligand bound
要素Polyketide synthase PKS13
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / mycolic acid synthesis / ketosynthase / acyltransferase / multi-domain assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioesterase / Thioesterase domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase ...Thioesterase / Thioesterase domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Polyketide synthase PKS13
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Kim, S.K. / Dickinson, M.S. / Finer-Moore, J.S. / Rosenberg, O.S. / Stroud, R.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI095208 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI128214 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM24485 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure and dynamics of the essential endogenous mycobacterial polyketide synthase Pks13.
著者: Sun Kyung Kim / Miles Sasha Dickinson / Janet Finer-Moore / Ziqiang Guan / Robyn M Kaake / Ignacia Echeverria / Jen Chen / Ernst H Pulido / Andrej Sali / Nevan J Krogan / Oren S Rosenberg / Robert M Stroud /
要旨: The mycolic acid layer of the Mycobacterium tuberculosis cell wall is essential for viability and virulence, and the enzymes responsible for its synthesis are targets for antimycobacterial drug ...The mycolic acid layer of the Mycobacterium tuberculosis cell wall is essential for viability and virulence, and the enzymes responsible for its synthesis are targets for antimycobacterial drug development. Polyketide synthase 13 (Pks13) is a module encoding several enzymatic and transport functions that carries out the condensation of two different long-chain fatty acids to produce mycolic acids. We determined structures by cryogenic-electron microscopy of dimeric multi-enzyme Pks13 purified from mycobacteria under normal growth conditions, captured with native substrates. Structures define the ketosynthase (KS), linker and acyl transferase (AT) domains at 1.8 Å resolution and two alternative locations of the N-terminal acyl carrier protein. These structures suggest intermediate states on the pathway for substrate delivery to the KS domain. Other domains, visible at lower resolution, are flexible relative to the KS-AT core. The chemical structures of three bound endogenous long-chain fatty acid substrates were determined by electrospray ionization mass spectrometry.
履歴
登録2022年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase PKS13
B: Polyketide synthase PKS13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)397,8924
ポリマ－397,2672
非ポリマー6252
水7,026390
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase PKS13


分子量: 198633.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: The gene for M. smegmatis polyketide synthase 13 (Pks13) was tagged with TEV-cleavable GFP at its C-terminus and purified from its natural source with anti-GFP nanobody beads. GFP was cleaved ...詳細: The gene for M. smegmatis polyketide synthase 13 (Pks13) was tagged with TEV-cleavable GFP at its C-terminus and purified from its natural source with anti-GFP nanobody beads. GFP was cleaved to yield the full-length Pks13.
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FMV0, 6-deoxyerythronolide-B synthase
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 312.530 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The fatty acid ligand designated as UNL (unknown ligand) is a divided population of fatty acids of formula C55H106O2 and C40H78O2 as confirmed by mass spectrometry.
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細The gene for M. smegmatis polyketide synthase 13 (Pks13) was tagged with TEV-cleavable GFP at its C- ...The gene for M. smegmatis polyketide synthase 13 (Pks13) was tagged with TEV-cleavable GFP at its C-terminus and purified from its natural source with anti-GFP nanobody beads. GFP was cleaved to yield the full-length Pks13.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Mycobacterial polyketide synthase 13COMPLEXThe gene for Mycobacterium smegmatis polyketide synthase 13 (Pks13) was tagged with TEV-cleavable GFP at its C-terminus and purified from its natural source with anti-GFP nanobody beads. GFP was cleaved to yield the full-length Pks13.#10NATURAL
2Ketosynthase domainCOMPLEXLinked to acyl transferase domain at the C-terminus#11NATURAL
3Acyl transferase domainCOMPLEXlinked to ketosynthase domain at the N-terminus#11NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)246196
32Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)246196
43Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)246196
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMTris1
2150 mMNaCl1
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K
詳細: Full length pks13 was concentrated to 1.5 mg mL-1 for cryo-EM grid preparation. 4.5 uL of sample was applied to freshly glow discharged holey carbon on gold R1.2/1.3 300 mesh Quantifoil grids ...詳細: Full length pks13 was concentrated to 1.5 mg mL-1 for cryo-EM grid preparation. 4.5 uL of sample was applied to freshly glow discharged holey carbon on gold R1.2/1.3 300 mesh Quantifoil grids and blotted for 9 s with Whatman 1 filter paper at max humidity and 10oC in a FEI Mark IV Vitrobot, before vitrification in liquid nitrogen-cooled liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 5.9 sec. / 電子線照射量: 45.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 7567

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
4cryoSPARC2.12CTF補正
7Coot0.8.9.2モデルフィッティング
9ISOLDEモデル精密化application in ChimeraX
10PHENIX1.19.2モデル精密化
11cryoSPARC2.12初期オイラー角割当
12cryoSPARC2.12最終オイラー角割当
13cryoSPARC2.12分類
14cryoSPARC2.12３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4400000
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 1.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1200000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 45.01 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00414381
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58319506
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.6825248
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0452175
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042578

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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