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万見
- PDB-7u6d: Head region of insulin receptor ectodomain (A-isoform) bound to t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u6d
タイトルHead region of insulin receptor ectodomain (A-isoform) bound to the non-insulin agonist IM459
要素
  • IM459
  • Isoform Short of Insulin receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN/AGONIST / insulin receptor / insulin-mimic peptide / insulin receptor agonist / SIGNALING PROTEIN-AGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / insulin-like growth factor II binding / positive regulation of developmental growth / male sex determination / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / insulin receptor activity / positive regulation of protein-containing complex disassembly / exocrine pancreas development ...regulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / insulin-like growth factor II binding / positive regulation of developmental growth / male sex determination / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / insulin receptor activity / positive regulation of protein-containing complex disassembly / exocrine pancreas development / dendritic spine maintenance / insulin binding / adrenal gland development / cargo receptor activity / PTB domain binding / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / neuronal cell body membrane / positive regulation of respiratory burst / amyloid-beta clearance / insulin receptor substrate binding / regulation of embryonic development / positive regulation of receptor internalization / epidermis development / positive regulation of glycogen biosynthetic process / protein kinase activator activity / Signal attenuation / heart morphogenesis / transport across blood-brain barrier / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / neuron projection maintenance / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / dendrite membrane / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of D-glucose import across plasma membrane / learning / receptor protein-tyrosine kinase / receptor internalization / caveola / cellular response to growth factor stimulus / male gonad development / cellular response to insulin stimulus / memory / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / insulin receptor signaling pathway / late endosome / protein autophosphorylation / glucose homeostasis / amyloid-beta binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / lysosome / signaling receptor complex / endosome membrane / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / protein domain specific binding / axon / positive regulation of cell population proliferation / symbiont entry into host cell / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / protein-containing complex binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.03 Å
データ登録者Kirk, N.S. / Lawrence, M.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Activation of the human insulin receptor by non-insulin-related peptides.
著者: Nicholas S Kirk / Qi Chen / Yingzhe Ginger Wu / Anastasia L Asante / Haitao Hu / Juan F Espinosa / Francisco Martínez-Olid / Mai B Margetts / Faiz A Mohammed / Vladislav V Kiselyov / David G ...著者: Nicholas S Kirk / Qi Chen / Yingzhe Ginger Wu / Anastasia L Asante / Haitao Hu / Juan F Espinosa / Francisco Martínez-Olid / Mai B Margetts / Faiz A Mohammed / Vladislav V Kiselyov / David G Barrett / Michael C Lawrence /
要旨: The human insulin receptor signalling system plays a critical role in glucose homeostasis. Insulin binding brings about extensive conformational change in the receptor extracellular region that in ...The human insulin receptor signalling system plays a critical role in glucose homeostasis. Insulin binding brings about extensive conformational change in the receptor extracellular region that in turn effects trans-activation of the intracellular tyrosine kinase domains and downstream signalling. Of particular therapeutic interest is whether insulin receptor signalling can be replicated by molecules other than insulin. Here, we present single-particle cryoEM structures that show how a 33-mer polypeptide unrelated to insulin can cross-link two sites on the receptor surface and direct the receptor into a signalling-active conformation. The 33-mer polypeptide engages the receptor by two helical binding motifs that are each potentially mimicable by small molecules. The resultant conformation of the receptor is distinct from-but related to-those in extant three-dimensional structures of the insulin-complexed receptor. Our findings thus illuminate unexplored pathways for controlling the signalling of the insulin receptor as well as opportunities for development of insulin mimetics.
履歴
登録2022年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / em_software / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name ..._em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IM459
C: Isoform Short of Insulin receptor
B: Isoform Short of Insulin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,2163
ポリマ－213,2163
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質・ペプチド IM459


分子量: 4000.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Isoform Short of Insulin receptor / IR


分子量: 104607.664 Da / 分子数: 2 / Fragment: ectodomain (UNP residues 28-943) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INSR
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P06213, receptor protein-tyrosine kinase
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of non-insulin insulin receptor agonist IM459 bound to the insulin receptor ectodomain (A-isoform) construct IR-A(ecto)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 69.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0027308
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5199896
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.3162715
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441069
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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