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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u5m | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of GAPDH | ||||||
![]() | Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GAPDH / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of neurotransmitter loading into synaptic vesicle / Glycolysis / Gluconeogenesis / peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / GAIT complex ...regulation of neurotransmitter loading into synaptic vesicle / Glycolysis / Gluconeogenesis / peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / GAIT complex / positive regulation of type I interferon production / glycolytic process / microtubule cytoskeleton organization / glucose metabolic process / NAD binding / microtubule cytoskeleton / disordered domain specific binding / regulation of translation / NADP binding / microtubule binding / neuron apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein stabilization / innate immune response / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.28 Å | ||||||
![]() | Morgan, C.E. / Zhang, Z. / Yu, E.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Toward structural-omics of the bovine retinal pigment epithelium. 著者: Christopher E Morgan / Zhemin Zhang / Masaru Miyagi / Marcin Golczak / Edward W Yu / ![]() 要旨: The use of an integrated systems biology approach to investigate tissues and organs has been thought to be impracticable in the field of structural biology, where the techniques mainly focus on ...The use of an integrated systems biology approach to investigate tissues and organs has been thought to be impracticable in the field of structural biology, where the techniques mainly focus on determining the structure of a particular biomacromolecule of interest. Here, we report the use of cryoelectron microscopy (cryo-EM) to define the composition of a raw bovine retinal pigment epithelium (RPE) lysate. From this sample, we simultaneously identify and solve cryo-EM structures of seven different RPE enzymes whose functions affect neurotransmitter recycling, iron metabolism, gluconeogenesis, glycolysis, axonal development, and energy homeostasis. Interestingly, dysfunction of these important proteins has been directly linked to several neurodegenerative disorders, including Huntington's disease, amyotrophic lateral sclerosis (ALS), Parkinson's disease, Alzheimer's disease, and schizophrenia. Our work underscores the importance of cryo-EM in facilitating tissue and organ proteomics at the atomic level. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 231.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 188.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26355MC ![]() 7u5hC ![]() 7u5iC ![]() 7u5jC ![]() 7u5kC ![]() 7u5lC ![]() 7u5nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35914.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P10096, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating), 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Tetramer of GAPDH / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 36 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: v3 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 182450 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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