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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u5j | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of ALDOA | ||||||
要素 | Fructose-bisphosphate aldolase | ||||||
キーワード | LYASE / ALDOA / fructose-bisphosphate aldolase / aldolase | ||||||
機能・相同性 | Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process / Aldolase-type TIM barrel / Fructose-bisphosphate aldolase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å | ||||||
データ登録者 | Morgan, C.E. / Zhang, Z. / Yu, E.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022 タイトル: Toward structural-omics of the bovine retinal pigment epithelium. 著者: Christopher E Morgan / Zhemin Zhang / Masaru Miyagi / Marcin Golczak / Edward W Yu / 要旨: The use of an integrated systems biology approach to investigate tissues and organs has been thought to be impracticable in the field of structural biology, where the techniques mainly focus on ...The use of an integrated systems biology approach to investigate tissues and organs has been thought to be impracticable in the field of structural biology, where the techniques mainly focus on determining the structure of a particular biomacromolecule of interest. Here, we report the use of cryoelectron microscopy (cryo-EM) to define the composition of a raw bovine retinal pigment epithelium (RPE) lysate. From this sample, we simultaneously identify and solve cryo-EM structures of seven different RPE enzymes whose functions affect neurotransmitter recycling, iron metabolism, gluconeogenesis, glycolysis, axonal development, and energy homeostasis. Interestingly, dysfunction of these important proteins has been directly linked to several neurodegenerative disorders, including Huntington's disease, amyotrophic lateral sclerosis (ALS), Parkinson's disease, Alzheimer's disease, and schizophrenia. Our work underscores the importance of cryo-EM in facilitating tissue and organ proteomics at the atomic level. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u5j.cif.gz | 238 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7u5j.ent.gz | 193.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7u5j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7u5j_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7u5j_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7u5j_validation.xml.gz | 50.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7u5j_validation.cif.gz | 76.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/7u5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/7u5j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26352MC 7u5hC 7u5iC 7u5kC 7u5lC 7u5mC 7u5nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39488.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: A6QLL8, fructose-bisphosphate aldolase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tetramer of aldolase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 36 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: v3 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14361 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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