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- PDB-7tpp: Cryo-em structure of human prothrombin:prothrombinase at 4.1 Angs... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tpp
タイトルCryo-em structure of human prothrombin:prothrombinase at 4.1 Angstrom resolution
要素
  • (Coagulation factor Va) x 2
  • Activated factor Xa heavy chain
  • Factor X light chain
  • Prothrombin
キーワードBLOOD CLOTTING / prothrombin prothrombinase
機能・相同性
機能・相同性情報


response to vitamin K / coagulation factor Xa / platelet alpha granule / Cargo concentration in the ER / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / blood circulation / COPII-mediated vesicle transport / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation ...response to vitamin K / coagulation factor Xa / platelet alpha granule / Cargo concentration in the ER / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / blood circulation / COPII-mediated vesicle transport / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / positive regulation of lipid kinase activity / cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Regulation of Complement cascade / negative regulation of proteolysis / Post-translational protein phosphorylation / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / lipopolysaccharide binding / growth factor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / phospholipid binding / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / extracellular vesicle / Platelet degranulation / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : ...Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Cupredoxin / EGF-like domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Prothrombin / Coagulation factor X / Coagulation factor V
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Di Cera, E. / Ruben, E.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
引用ジャーナル: Blood / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the prothrombin-prothrombinase complex.
著者: Eliza A Ruben / Brock Summers / Michael J Rau / James A J Fitzpatrick / Enrico Di Cera /
要旨: The intrinsic and extrinsic pathways of the coagulation cascade converge to a common step where the prothrombinase complex, comprising the enzyme factor Xa (fXa), the cofactor fVa, Ca2+ and ...The intrinsic and extrinsic pathways of the coagulation cascade converge to a common step where the prothrombinase complex, comprising the enzyme factor Xa (fXa), the cofactor fVa, Ca2+ and phospholipids, activates the zymogen prothrombin to the protease thrombin. The reaction entails cleavage at 2 sites, R271 and R320, generating the intermediates prethrombin 2 and meizothrombin, respectively. The molecular basis of these interactions that are central to hemostasis remains elusive. We solved 2 cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of the fVa-fXa complex, 1 free on nanodiscs at 5.3-Å resolution and the other bound to prothrombin at near atomic 4.1-Å resolution. In the prothrombin-fVa-fXa complex, the Gla domains of fXa and prothrombin align on a plane with the C1 and C2 domains of fVa for interaction with membranes. Prothrombin and fXa emerge from this plane in curved conformations that bring their protease domains in contact with each other against the A2 domain of fVa. The 672ESTVMATRKMHDRLEPEDEE691 segment of the A2 domain closes on the protease domain of fXa like a lid to fix orientation of the active site. The 696YDYQNRL702 segment binds to prothrombin and establishes the pathway of activation by sequestering R271 against D697 and directing R320 toward the active site of fXa. The cryo-EM structure provides a molecular view of prothrombin activation along the meizothrombin pathway and suggests a mechanism for cleavage at the alternative R271 site. The findings advance our basic knowledge of a key step of coagulation and bear broad relevance to other interactions in the blood.
履歴
登録2022年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Prothrombin
A: Factor X light chain
C: Coagulation factor Va
D: Coagulation factor Va
B: Activated factor Xa heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,2055
ポリマ－266,2055
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Prothrombin / Coagulation factor II


分子量: 65370.113 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-622 / 変異: S525A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#2: タンパク質 Factor X light chain


分子量: 15743.385 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 41-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F10 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P00742
#3: タンパク質 Coagulation factor Va / Activated protein C cofactor / Proaccelerin / labile factor


分子量: 81274.391 Da / 分子数: 1 / 断片: domains A1 and A2 (UNP residues 29-737) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12259
#4: タンパク質 Coagulation factor Va / Activated protein C cofactor / Proaccelerin / labile factor


分子量: 75283.008 Da / 分子数: 1 / 断片: domains C1, C2, and A3 (UNP residues 1574-2224) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12259
#5: タンパク質 Activated factor Xa heavy chain


分子量: 28534.596 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 235-488 / 変異: S379A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F10 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P00742
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1prothrombin prothrombinaseCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Prothrombin (E.C.3.4.21.5), Factor X light chain, Activated factor Xa heavy chainCOMPLEX#1-#2, #51RECOMBINANT
3Coagulation factor VaCOMPLEX#3-#41NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM Hepes, 150mM NaCl, 5mM CaCl2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 330317 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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