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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tor | |||||||||||||||
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タイトル | Mammalian 80S ribosome bound with the ALS/FTD-associated dipeptide repeat protein GR20 | |||||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Ribosomal binding peptide / ALS/FTD-associated dipeptide repeat protein | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage / G1 to G0 transition ...regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage / G1 to G0 transition / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / phagocytic cup / ubiquitin ligase inhibitor activity / TOR signaling / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / T cell proliferation involved in immune response / erythrocyte development / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / translation regulator activity / cellular response to actinomycin D / ribosomal small subunit export from nucleus / cytosolic ribosome / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rough endoplasmic reticulum / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / placenta development / small-subunit processome / positive regulation of translation / protein kinase C binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to gamma radiation / transcription coactivator binding / mRNA 5'-UTR binding / modification-dependent protein catabolic process / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / rhythmic process / rRNA processing / protein tag activity / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / glucose homeostasis / ribosome binding / retina development in camera-type eye / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cell body / T cell differentiation in thymus / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / perikaryon / defense response to Gram-negative bacterium / cytosolic large ribosomal subunit / killing of cells of another organism / cytoplasmic translation / cell differentiation / tRNA binding / postsynaptic density / protein stabilization / rRNA binding / mitochondrial inner membrane / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / positive regulation of protein phosphorylation / ribonucleoprotein complex / positive regulation of apoptotic process / cell division / DNA repair / mRNA binding / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / synapse / dendrite / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / protein kinase binding / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||
![]() | Loveland, A.B. / Svidritskiy, E. / Susorov, D. / Lee, S. / Park, A. / Zvornicanin, S. / Demo, G. / Gao, F.B. / Korostelev, A.A. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ribosome inhibition by C9ORF72-ALS/FTD-associated poly-PR and poly-GR proteins revealed by cryo-EM. 著者: Anna B Loveland / Egor Svidritskiy / Denis Susorov / Soojin Lee / Alexander Park / Sarah Zvornicanin / Gabriel Demo / Fen-Biao Gao / Andrei A Korostelev / ![]() ![]() 要旨: Toxic dipeptide-repeat (DPR) proteins are produced from expanded GC repeats in the C9ORF72 gene, the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD). ...Toxic dipeptide-repeat (DPR) proteins are produced from expanded GC repeats in the C9ORF72 gene, the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD). Two DPR proteins, poly-PR and poly-GR, repress cellular translation but the molecular mechanism remains unknown. Here we show that poly-PR and poly-GR of ≥20 repeats inhibit the ribosome's peptidyl-transferase activity at nanomolar concentrations, comparable to specific translation inhibitors. High-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) reveals that poly-PR and poly-GR block the polypeptide tunnel of the ribosome, extending into the peptidyl-transferase center (PTC). Consistent with these findings, the macrolide erythromycin, which binds in the tunnel, competes with poly-PR and restores peptidyl-transferase activity. Our results demonstrate that strong and specific binding of poly-PR and poly-GR in the ribosomal tunnel blocks translation, revealing the structural basis of their toxicity in C9ORF72-ALS/FTD. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26036MC ![]() 7tooC ![]() 7topC ![]() 7toqC ![]() 7tosC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 6種, 7分子 A18SA28SA58SA5SETRNPTRNMRNA
#1: RNA鎖 | 分子量: 548040.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1151291.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||
#3: RNA鎖 | 分子量: 48545.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||
#4: RNA鎖 | 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||
#82: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #84: RNA鎖 | | 分子量: 8591.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
+60S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 AL02AL03AL04AL05AL06AL07AL09AL11AL13AL14AL15AL17AL19AL21AL23AL26AL27AL28AL30AL31AL32AL33AL34AL35AL36AL37AL39AL43ALNW
-タンパク質 , 19種, 19分子 AL08AL12AL16AL18AL20AL22AL25AL29AL38AL40AL42ARACAS00AS07AS14AS16AS19AS21AS26
#11: タンパク質 | 分子量: 26695.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#15: タンパク質 | 分子量: 16561.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 23144.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 22099.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#23: タンパク質 | 分子量: 20827.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | 分子量: 11495.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#28: タンパク質 | 分子量: 13727.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#32: タンパク質 | 分子量: 12093.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | 分子量: 8107.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 6199.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#45: タンパク質 | 分子量: 12198.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#49: タンパク質 | 分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#50: タンパク質 | 分子量: 24361.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#57: タンパク質 | 分子量: 21629.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#64: タンパク質 | 分子量: 14431.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#66: タンパク質 | 分子量: 16032.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#69: タンパク質 | 分子量: 15611.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#71: タンパク質 | 分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#76: タンパク質 | 分子量: 11645.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 AL10AL24AS05
#13: タンパク質 | 分子量: 23736.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#27: タンパク質 | 分子量: 14131.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#55: タンパク質 | 分子量: 21525.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 3種, 4分子 AL41ALP0GR1GR2
#44: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#48: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3298.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#83: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4302.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
+40S ribosomal protein ... , 24種, 24分子 AS01AS02AS03AS04AS06AS08AS09AS10AS11AS12AS13AS15AS17AS18AS20AS22AS23AS24AS25AS27AS28AS29AS30AS31
-非ポリマー , 1種, 6分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
#85: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Mamalian 80S ribosome bound with the ALS/FTD-associated dipeptide repeat protein GR20 タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#84 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
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分子量 | 値: 4 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: FREALIGN / バージョン: 9.11 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20284 / クラス平均像の数: 12 / 対称性のタイプ: POINT |